Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,789,381 | C→A | 100% | L15I (CTC→ATC) | waaC → | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,789,381 | 0 | C | A | 97.4% | 633.0 / 6.1 | 204 | L15I (CTC→ATC) | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base A (108/90); total (113/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
AGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGC > CP009273/3789236‑3789525 | aGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTtatc < 1:2112081/148‑1 (MQ=255) tGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCAt < 2:2067616/148‑1 (MQ=255) tGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGATTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCAt < 1:3215957/148‑1 (MQ=255) aCGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATAc > 1:2893805/1‑148 (MQ=255) tGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTg < 1:3446428/148‑1 (MQ=255) gCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTAGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGc < 1:2004191/148‑1 (MQ=255) gAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCg > 2:2833333/1‑148 (MQ=255) gggTTATCACCAGAGCTTACTCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGca < 2:1697158/148‑1 (MQ=255) ttATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGcactc > 1:2328218/1‑148 (MQ=255) cACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTg > 2:1655617/1‑148 (MQ=255) cACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTg > 1:1232803/1‑148 (MQ=255) cACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTg < 2:2605617/148‑1 (MQ=255) aCCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGGACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGa < 1:1347219/148‑1 (MQ=255) gagCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGcc < 2:3183427/148‑1 (MQ=255) agCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGccc > 1:1150747/1‑148 (MQ=255) cTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCcag > 1:1228758/1‑148 (MQ=255) cTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCcag > 2:1398697/1‑148 (MQ=255) tAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCcagca > 1:374875/1‑148 (MQ=255) ctCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAgg < 1:618490/147‑1 (MQ=255) aTCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAgg < 1:3100228/148‑1 (MQ=255) aTCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAgg > 2:1685929/1‑148 (MQ=255) tCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGc > 2:3293564/1‑148 (MQ=255) cGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCa > 1:2530336/1‑148 (MQ=255) cGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCa < 1:1461832/148‑1 (MQ=255) cATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATc > 2:493148/1‑148 (MQ=255) ttACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATccc > 1:411843/1‑148 (MQ=255) aCTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAg < 1:2875429/148‑1 (MQ=255) aCTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAg < 2:597870/148‑1 (MQ=255) tCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAggg < 2:2463312/148‑1 (MQ=255) tCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAggg < 1:1031043/148‑1 (MQ=255) tCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAggg < 2:311943/148‑1 (MQ=255) tCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAggg > 2:1069991/1‑148 (MQ=255) ccccAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGa < 2:2726734/148‑1 (MQ=255) cccAGCGCGTACTGGAAGTACTCATCGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCTGGGAt < 2:504946/148‑1 (MQ=255) cAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTa < 1:1614357/148‑1 (MQ=255) aGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTaa > 1:3142928/1‑148 (MQ=255) gcgcGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAg > 1:2962857/1‑148 (MQ=255) cgcgTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGt > 2:2618386/1‑148 (MQ=255) cgcgTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGAGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGt < 1:2366088/148‑1 (MQ=255) tACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGa > 1:2151649/1‑148 (MQ=255) tACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGa < 2:1008313/148‑1 (MQ=255) tACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGa < 2:856403/148‑1 (MQ=255) aCTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGAc < 2:469183/148‑1 (MQ=255) cttgaagaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACt < 2:2185187/145‑1 (MQ=255) cTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGTGGGTGTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACt > 2:393300/1‑148 (MQ=255) gaagaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTggg < 1:846446/148‑1 (MQ=255) gaagaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGGTCGCCATACGTTGCCCGAACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTggg < 1:3447523/148‑1 (MQ=255) aagaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggt > 2:1657557/1‑148 (MQ=255) agaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtg < 1:2514915/148‑1 (MQ=255) gaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtgg < 1:897535/148‑1 (MQ=255) gaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtgg < 1:474708/148‑1 (MQ=255) gaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtgg > 1:1352661/1‑148 (MQ=255) gaaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtgg < 1:1858207/148‑1 (MQ=255) aaCTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGggtggt > 2:1765446/1‑148 (MQ=255) 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gTTATCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGc > 2:1109276/1‑148 (MQ=255) | AGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAATACGTCGCTGGC > CP009273/3789236‑3789525 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |