| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,904,977 | A→T | 100% | intergenic (‑92/+222) | pstS ← / ← glmS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity/L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,904,977 | 0 | A | T | 96.4% | 793.6 / 13.7 | 247 | intergenic (‑92/+222) | pstS/glmS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity/L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/7); new base T (115/123); total (117/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCATTCTGTGACAGAGAAAAAGTAGCCGAAGATGACGGTTTGT > CP009273/3904832‑3905121 | cATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCa < 1:2077208/148‑1 (MQ=255)cATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCa < 2:2562012/148‑1 (MQ=255) tCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGt < 2:939239/148‑1 (MQ=255) tCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGt < 2:21277/148‑1 (MQ=255) tCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGt < 2:19842/148‑1 (MQ=255) cGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGtt < 1:1213035/148‑1 (MQ=255) aTAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGtttt > 1:3065507/1‑148 (MQ=255) gaaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTa < 2:2260061/147‑1 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTAt > 2:3351009/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |