| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,972,296 | G→T | 100% | E112D (GAG→GAT) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,972,296 | 0 | G | T | 99.0% | 625.4 / ‑1.8 | 197 | E112D (GAG→GAT) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (77/117); total (79/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAA > CP009273/3972151‑3972437 | tCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCaa < 2:1454080/148‑1 (MQ=255) cgcgCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAAt < 2:2492912/148‑1 (MQ=255) gcgcCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATc < 2:1198606/148‑1 (MQ=255) cgccgcCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCt > 1:3472723/1‑148 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCtt < 1:489986/148‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCtt < 2:1839350/148‑1 (MQ=255) cAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTg < 2:2854912/148‑1 (MQ=255) gAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTggg > 2:3045523/1‑148 (MQ=255) gAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTggg > 2:1537658/1‑148 (MQ=255) aaaTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGt < 1:1721325/148‑1 (MQ=255) aaaTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGt < 1:2291130/148‑1 (MQ=255) aTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGa < 1:1090660/148‑1 (MQ=255) aTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGa < 2:8490/148‑1 (MQ=255) aTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGa < 2:1788412/148‑1 (MQ=255) tgttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCt > 1:3322228/1‑148 (MQ=255) gttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTg < 1:862415/148‑1 (MQ=255) ttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGa < 1:2484257/148‑1 (MQ=255) cAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATgg < 2:2036192/148‑1 (MQ=255) gCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTa > 1:3425793/1‑148 (MQ=255) cGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTAt < 1:1491813/148‑1 (MQ=255) cGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACAGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTAt > 1:2702902/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcgc > 2:2480727/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcgc > 1:520614/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcgc > 2:1936748/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcgc > 1:2462166/1‑148 (MQ=255) ttCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTg > 1:380895/1‑148 (MQ=255) ttCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTg > 2:1838783/1‑148 (MQ=255) ttCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCATGATGGGTATCGAGCTg > 1:395147/1‑148 (MQ=255) gCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTCTCGCGCTGGTaa > 2:1581160/1‑148 (MQ=255) gCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTaa < 1:1732677/148‑1 (MQ=255) ggCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCg < 2:1360268/148‑1 (MQ=255) ttCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCa > 2:20589/1‑148 (MQ=255) tCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAt < 2:374156/148‑1 (MQ=255) cTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtc < 1:2963778/148‑1 (MQ=255) cTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtc < 2:1759529/148‑1 (MQ=255) cTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtc < 1:1840142/148‑1 (MQ=255) aCGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTACGCGTCGGCAtctt > 2:3059564/1‑148 (MQ=255) aCGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtctt < 1:1574820/148‑1 (MQ=255) cgcgGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtcttc < 1:1336919/148‑1 (MQ=255) ggTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCttcttc < 2:2064854/148‑1 (MQ=255) ggTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCttcttc < 1:1867108/148‑1 (MQ=255) ttACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATg > 1:1537669/1‑148 (MQ=255) tACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGc < 2:1620052/148‑1 (MQ=255) tACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGc < 2:264922/148‑1 (MQ=255) aTGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACaa < 1:1420544/148‑1 (MQ=255) tGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAAc > 2:1901145/1‑148 (MQ=255) tGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAAc > 2:126946/1‑148 (MQ=255) cACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGc > 1:1726638/1‑148 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 2:282319/148‑1 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 1:3180964/148‑1 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 1:1943425/148‑1 (MQ=255) tACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCtttt < 1:1959446/148‑1 (MQ=255) aaaCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCt < 2:2204115/148‑1 (MQ=255) aaaCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCt > 1:3257637/1‑148 (MQ=255) aaaCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCt < 2:3058773/148‑1 (MQ=255) aaCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTg < 2:512561/148‑1 (MQ=255) aCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGt > 2:1950179/1‑148 (MQ=255) aCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGt > 2:997191/1‑148 (MQ=255) cccGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCTCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGtt < 1:844187/148‑1 (MQ=255) cccGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGtt > 1:2149292/1‑148 (MQ=255) ccGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTc > 2:3059209/1‑148 (MQ=255) ccTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCgg < 2:2419332/148‑1 (MQ=255) tACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCt < 2:588578/148‑1 (MQ=255) cGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTa > 2:2529851/1‑148 (MQ=255) gCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTaa > 1:1721576/1‑148 (MQ=255) gCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTaa < 1:935913/148‑1 (MQ=255) aaaCGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACt < 1:3124443/148‑1 (MQ=255) aaaCGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACt > 2:1445204/1‑148 (MQ=255) gcgTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTa < 1:2738368/148‑1 (MQ=255) cgTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTAc > 1:2436195/1‑148 (MQ=255) tGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGt > 1:2333269/1‑148 (MQ=255) tGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGt < 2:1675619/148‑1 (MQ=255) gCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTc < 1:1609970/148‑1 (MQ=255) gATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGa < 2:1231997/148‑1 (MQ=255) gATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGa < 1:1677368/148‑1 (MQ=255) aTGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGAt > 1:2570447/1‑148 (MQ=255) aTGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGACTTAACTCCTACAGTCAGAt < 2:3425793/148‑1 (MQ=255) gTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCt < 1:1094032/148‑1 (MQ=255) gTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAAACGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAATCGTCGGCATATTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCt < 2:1256773/148‑1 (MQ=255) aCCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCttt < 2:660150/148‑1 (MQ=255) aCCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCttt < 1:3367814/148‑1 (MQ=255) ccGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCtttt > 1:2213068/1‑148 (MQ=255) gcCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAg < 2:565677/148‑1 (MQ=255) gcCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAg < 2:2330278/148‑1 (MQ=255) 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ccGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTa > 1:3355932/1‑148 (MQ=255) | GTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAA > CP009273/3972151‑3972437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |