| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,009,705 | G→A | 100% | intergenic (‑176/‑86) | ysgA ← / → udp | putative carboxymethylenebutenolidase/uridine phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,009,705 | 0 | G | A | 99.6% | 760.1 / ‑4.5 | 234 | intergenic (‑176/‑86) | ysgA/udp | putative carboxymethylenebutenolidase/uridine phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (114/119); total (115/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTAC > CP009273/4009560‑4009849 | cgcAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGtaat > 1:3284422/1‑148 (MQ=255) cAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGtaatga < 2:1522220/148‑1 (MQ=255) cAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGtaatga > 1:1795610/1‑148 (MQ=255) aTGTTAACTAGAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGt < 1:1234045/148‑1 (MQ=255) tGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTa < 2:3204964/148‑1 (MQ=255) tGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTa < 2:543718/148‑1 (MQ=255) aCTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACg > 1:806964/1‑148 (MQ=255) cTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGa < 2:3455817/148‑1 (MQ=255) ataGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGaaa < 2:171616/148‑1 (MQ=255) ataGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGaaa < 2:1944673/148‑1 (MQ=255) attCAGAATGCAAACAATCACATTGCCTGAATCGGCTCAACTAATATGCAGTCCTGCAAAATGAATTCTGAAAAATGTGAAAAGCATCACTTTTGGTCGGTAAATATATCCAAACCATATGCGTCATGGTAATGATTATCACGaaaaa > 2:2338837/3‑148 (MQ=255) aGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGaaaaa < 2:2154248/148‑1 (MQ=255) aGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGaaaaa < 1:2613148/148‑1 (MQ=255) gTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGaaaaaa > 2:1078162/1‑148 (MQ=255) cAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATg < 2:2542176/148‑1 (MQ=255) cATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTa > 1:1075281/1‑148 (MQ=255) tGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTaaa < 1:171954/148‑1 (MQ=255) acaaATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCt > 2:1749237/1‑148 (MQ=255) acaaATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCt < 2:892794/148‑1 (MQ=255) acaaATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCt > 2:3509585/1‑148 (MQ=255) caaATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCtt < 2:1373545/148‑1 (MQ=255) tCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGt > 2:2837238/1‑148 (MQ=255) tCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGt < 2:624772/148‑1 (MQ=255) cacaTTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTa > 1:1888822/1‑148 (MQ=255) caTTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTaaa > 1:1102840/1‑148 (MQ=255) tGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGGGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAgtg > 1:2071708/1‑148 (MQ=255) ccTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTc > 2:380434/1‑148 (MQ=255) ccTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTc > 2:45563/1‑148 (MQ=255) cTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCt < 2:1984218/148‑1 (MQ=255) cTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCt < 1:1603235/148‑1 (MQ=255) aaTCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCtttt < 1:3347567/148‑1 (MQ=255) aTCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCttttt > 2:1769086/1‑148 (MQ=255) tCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTg > 1:3330804/1‑148 (MQ=255) tCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTg > 2:2719749/1‑148 (MQ=255) gCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGctt > 1:1039836/1‑148 (MQ=255) gCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGctt < 1:2385428/148‑1 (MQ=255) cATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGcttctt > 1:2972734/1‑148 (MQ=255) cATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGcttctt > 1:1539196/1‑148 (MQ=255) cATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGcttctt < 1:1200433/148‑1 (MQ=255) cTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTg < 2:2610924/148‑1 (MQ=255) cTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTg > 2:1319298/1‑148 (MQ=255) cTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTg > 1:3456145/1‑148 (MQ=255) tttATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGAc < 1:2864711/148‑1 (MQ=255) ttATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACt > 2:146811/1‑148 (MQ=255) aTGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTaa < 1:2705018/148‑1 (MQ=255) gCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAAc < 1:536519/148‑1 (MQ=255) aGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCg < 1:1144118/148‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGa < 1:3509789/148‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGa < 1:1732631/148‑1 (MQ=255) tCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTTACTAAAGCGAt > 2:1882096/1‑148 (MQ=255) tCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGAt > 1:130464/1‑148 (MQ=255) ccTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGAtt > 1:1570276/1‑148 (MQ=255) aGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACag < 2:3161349/148‑1 (MQ=255) gAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACaga > 2:774010/1‑148 (MQ=255) aaGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGt < 2:3169168/148‑1 (MQ=255) gggTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTg > 1:2340194/1‑148 (MQ=255) ggTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGt < 2:1236488/148‑1 (MQ=255) gTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACACTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACAGATTCACAGAGGAGTTGta > 2:2222573/1‑148 (MQ=255) gATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGtata < 2:2069802/148‑1 (MQ=255) gATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGtata < 1:26021/148‑1 (MQ=255) atgtaagtgATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTAGGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTatat < 2:3305438/142‑1 (MQ=255) aTTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTatat < 2:431197/148‑1 (MQ=255) tttATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATg < 1:1666767/148‑1 (MQ=255) tttATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACACTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATg > 1:638635/1‑148 (MQ=255) tATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTc < 1:1749237/148‑1 (MQ=255) aTGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTca > 2:2477068/1‑147 (MQ=255) tgtgATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTTCTTATTCTGACTAAAACGATTCACAGATGAGTTTTATATGTcac > 2:3049783/1‑146 (MQ=255) gtgATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCaa < 2:347272/148‑1 (MQ=255) gtgATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCaa < 2:3369832/148‑1 (MQ=255) tgATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAg < 1:1368566/148‑1 (MQ=255) tgATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAg > 1:1833658/1‑148 (MQ=255) aTTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTc > 2:1904221/1‑148 (MQ=255) aTTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTc > 1:789953/1‑148 (MQ=255) tttGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCt > 1:2034312/1‑148 (MQ=255) ttGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTg > 1:966921/1‑148 (MQ=255) cATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATg > 1:701606/1‑148 (MQ=255) tCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGtt < 1:1240598/148‑1 (MQ=255) cACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGttt < 2:762941/148‑1 (MQ=255) ttttGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTc > 2:2569765/1‑148 (MQ=255) ggTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGc > 1:1020417/1‑148 (MQ=255) ggTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGc < 1:405753/148‑1 (MQ=255) ggTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGc > 1:2781911/1‑148 (MQ=255) gTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGcc < 2:2927138/148‑1 (MQ=255) tAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCt < 1:1455224/148‑1 (MQ=255) tAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCt < 1:1384184/148‑1 (MQ=255) aaTTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCa > 2:3436226/1‑148 (MQ=255) tttATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACt > 2:3369435/1‑148 (MQ=255) tttATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACt > 2:1573105/1‑148 (MQ=255) ttATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTa > 1:1918993/1‑148 (MQ=255) tATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTaa < 2:2340233/148‑1 (MQ=255) tGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTaaaa < 1:581265/148‑1 (MQ=255) tGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTaaaa > 1:2638935/1‑148 (MQ=255) aaCGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACg < 2:48517/148‑1 (MQ=255) aCGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGa > 2:935674/1‑148 (MQ=255) cGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGAt > 2:966254/1‑148 (MQ=255) cATTTGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGAttt > 1:2494783/1‑148 (MQ=255) aTTTGCGTCATTGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTa < 2:3008768/148‑1 (MQ=255) tttGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTAc > 2:2463205/1‑148 (MQ=255) ttGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTCAAAACGATTTACa > 2:1966439/1‑148 (MQ=255) ttGCGTCATGGTAATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACa < 2:3330804/148‑1 (MQ=255) | CGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTAC > CP009273/4009560‑4009849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |