Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,045,302 | G→T | 100% | intergenic (+86/‑103) | yihI → / → hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,045,302 | 0 | G | T | 99.6% | 613.4 / ‑5.8 | 190 | intergenic (+86/‑103) | yihI/hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (102/87); total (103/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAG > CP009273/4045157‑4045446 | gaagaaGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGt > 2:814751/1‑148 (MQ=255) aagaagAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGtt < 2:913812/148‑1 (MQ=255) aagaagAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGtt > 2:3277125/1‑148 (MQ=255) aagaagAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGtt < 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gaagaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGAc > 2:2905032/1‑148 (MQ=255) gaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACaaa > 1:2788750/1‑148 (MQ=255) aCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACaaaa > 2:453271/1‑148 (MQ=255) aCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGGTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACaaaa > 1:2393120/1‑148 (MQ=255) cGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAg < 1:1068893/148‑1 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg < 1:1069368/148‑1 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg < 1:561799/148‑1 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCGTCCGGTTATAAGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg < 2:894341/148‑1 (MQ=255) agaagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTgcgc > 2:1251985/1‑148 (MQ=255) gaagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCa > 1:1235386/1‑148 (MQ=255) gaagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCa < 1:1943796/148‑1 (MQ=255) agaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAAc > 1:2345243/1‑148 (MQ=255) aCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCg > 1:85263/1‑148 (MQ=255) cATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTTGGACTTCACGTTCTTCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCTCAACCgg < 1:2113094/148‑1 (MQ=255) tgatgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCt < 2:378930/148‑1 (MQ=255) tgatgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCt > 1:1257492/1‑148 (MQ=255) gatgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCtg < 2:2530468/148‑1 (MQ=255) gatgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCtg > 2:478515/1‑148 (MQ=255) tgCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCtgat > 2:1879594/1‑148 (MQ=255) gCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCtgatg > 1:3048201/1‑148 (MQ=255) gCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCtgatg > 1:3048176/1‑148 (MQ=255) gTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGAc < 1:98785/148‑1 (MQ=255) tCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGAcc < 2:3497009/148‑1 (MQ=255) gctgcGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGa > 2:2580256/1‑148 (MQ=255) ctgcGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGaa < 1:453271/148‑1 (MQ=255) 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aaCGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATccgcc < 1:2753786/148‑1 (MQ=255) aCGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATccgccg > 2:636610/1‑148 (MQ=255) tGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCGTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTACACTACAGCTGGTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGc < 2:2183760/148‑1 (MQ=255) gccgccGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGcc > 1:414888/1‑148 (MQ=255) cgccgTGGGCCTTCCCGTTCGGCTGATAACCCTTCCGGTGATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGt < 2:1862155/148‑1 (MQ=255) ggCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAgccgcc < 2:618147/148‑1 (MQ=255) ggCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAgccgcc > 2:3315790/1‑148 (MQ=255) ggCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAgccgcc > 2:3150298/1‑148 (MQ=255) ccTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCag < 1:3146704/148‑1 (MQ=255) tCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAgaga > 1:2870583/1‑148 (MQ=255) 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gctgATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCgg > 1:180707/1‑148 (MQ=255) gctgATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCgg > 1:3323083/1‑148 (MQ=255) gATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCCTCGGAAg > 2:1118476/1‑148 (MQ=255) gATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAg < 1:3120643/148‑1 (MQ=255) gATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGGTGTCGCGGCGACAACAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAg < 1:1373383/148‑1 (MQ=255) 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tCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCaaa < 2:844776/148‑1 (MQ=255) tCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCaaa > 1:3400206/1‑148 (MQ=255) cTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAAt < 2:3482305/148‑1 (MQ=255) gtgtGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGa < 2:897106/148‑1 (MQ=255) gtgtGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGa < 2:715426/148‑1 (MQ=255) 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ttATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGa > 2:2269572/1‑148 (MQ=255) ttCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCt < 1:1709354/148‑1 (MQ=255) ttCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCt < 2:1235386/148‑1 (MQ=255) ttCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCt > 2:1427431/1‑148 (MQ=255) ttAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGcc > 2:2785425/1‑148 (MQ=255) 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aGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAg < 2:3002136/148‑1 (MQ=255) | GAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAG > CP009273/4045157‑4045446 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |