Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,098,900 | Δ1 bp | 100% | intergenic (+29/‑173) | mltC → / → nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,098,900 | 0 | G | . | 93.4% | 1054.8 / 68.1 | 227 | intergenic (+29/‑173) | mltC/nupG | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C/nucleoside transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/10); new base . (110/102); total (115/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
ATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACACTCATCCG > CP009273/3098752‑3099049 | attaACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg > 2:4481311/1‑150 (MQ=255) attaACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgg < 1:3325268/150‑1 (MQ=255) taACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggc > 2:4696025/1‑149 (MQ=255) acacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGACTCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCa < 2:3942920/150‑1 (MQ=255) cacCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAgggcaaa < 1:2211724/150‑5 (MQ=255) cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAAt < 2:1619020/150‑1 (MQ=255) cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAAt > 2:4151011/1‑150 (MQ=255) cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAAt > 2:1572684/1‑150 (MQ=255) aTGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATg < 2:2264798/150‑1 (MQ=255) tGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGt < 2:340541/150‑1 (MQ=255) tGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGt > 1:315782/1‑150 (MQ=255) tGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGt < 1:2474292/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTa < 2:1961172/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTa < 1:3615660/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt > 1:4520829/1‑150 (MQ=255) cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt > 2:306318/1‑150 (MQ=255) cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCGACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt < 2:1074647/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCCACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTAt > 2:5000369/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATc > 1:3700123/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGAAAAAATGTTATcc < 1:1315861/150‑1 (MQ=255) gggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcac > 1:2091554/1‑150 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca > 2:3986780/1‑150 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca < 2:1850798/150‑1 (MQ=255) ggCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCcaca < 1:1987887/150‑1 (MQ=255) ttATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAtt < 1:291817/150‑1 (MQ=255) tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAtt < 2:264569/150‑1 (MQ=255) tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt > 1:2998538/1‑150 (MQ=255) tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt < 1:823997/150‑1 (MQ=255) tATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAAttt > 1:2987505/1‑150 (MQ=255) aTCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTc > 1:1969584/1‑150 (MQ=255) aGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGtt < 1:4654538/150‑1 (MQ=255) gACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGttt < 1:3725043/150‑1 (MQ=255) tGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCa < 2:2525802/150‑1 (MQ=255) cgacCCGCCATCCCTCTGCGTAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt < 1:640919/150‑1 (MQ=255) cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt < 1:3306240/150‑1 (MQ=255) cgacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAAtt > 2:3481974/1‑150 (MQ=255) gacCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACACTTTCGTTTTGCAAATTg > 2:3629505/1‑150 (MQ=255) acCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgg < 2:827860/150‑1 (MQ=255) cccGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTggg > 1:826120/1‑150 (MQ=255) ccGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGa < 1:2041846/150‑1 (MQ=255) cGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:3011189/150‑1 (MQ=255) cGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa < 1:423093/150‑1 (MQ=255) gCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGaa > 1:260255/1‑150 (MQ=255) ccATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTgatgaat < 2:1032022/150‑7 (MQ=255) ccATCCCTCGGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAAt < 2:4354801/150‑1 (MQ=255) cATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGt > 2:3327462/1‑150 (MQ=255) cccTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTg < 2:4863445/150‑1 (MQ=255) cGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAattat > 1:1528712/1‑150 (MQ=255) gAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTAttt < 1:1010252/150‑1 (MQ=255) aaTCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTg > 2:2862827/1‑150 (MQ=255) ctcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCca < 2:3287629/150‑1 (MQ=255) ctcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCca < 1:3293652/150‑1 (MQ=255) tcGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCcac < 1:538949/150‑1 (MQ=255) 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tttATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaa < 1:4785199/150‑1 (MQ=255) ttATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACaaaaa < 1:1736223/150‑1 (MQ=255) aaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAg < 2:742465/150‑1 (MQ=255) aaGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAg < 2:2892354/150‑1 (MQ=255) tGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCA‑GGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTcc < 2:4398206/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |