| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,899,249 | C→A | 9.7% | E227* (GAA→TAA) | bglG ← | transcriptional antiterminator of the bgl operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,899,249 | 0 | C | A | 9.7% | 882.5 / 45.9 | 265 | E227* (GAA→TAA) | bglG | transcriptional antiterminator of the bgl operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/122); new base A (15/11); total (132/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TTTGCGCACGCGCTCTATATTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTAACCAGTCGCTGATAACTCAAGCTTTCTTCCTGGTAATTAAGGCTGAACTGAAATTTTATTAATTGCAGCATTTCGCGCATTAACTGCG > CP009273/3899100‑3899398 | tttGCGCACGCGCTCTATATTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATtc < 1:3336700/150‑1 (MQ=255) gcgcACGCGCTCTATATTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATtcatc > 1:2423241/1‑150 (MQ=255) gcACGCGCTCTATATTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTAATCAc > 1:2749834/1‑150 (MQ=255) gcgcTCTATATTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATc < 2:4101500/150‑1 (MQ=255) gcTATATATTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTGTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGt < 2:3236197/150‑1 (MQ=255) tatTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTg < 2:3149563/150‑1 (MQ=255) tatTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTg < 1:197223/150‑1 (MQ=255) atTTATGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGa > 1:594585/1‑150 (MQ=255) tGGCTAAAAACATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCAt > 2:1519699/1‑150 (MQ=255) aaaaaCATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCa > 2:2202121/1‑150 (MQ=255) aaaCATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAg > 1:3861673/1‑150 (MQ=255) cATAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAAt < 1:2524602/150‑1 (MQ=255) aTAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATa > 2:3265261/1‑150 (MQ=255) tAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATAc < 1:967606/150‑1 (MQ=255) tAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATAc > 2:4550295/1‑150 (MQ=255) tAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATAc > 2:3627451/1‑150 (MQ=255) tAATCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTAATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATAc > 2:1533189/1‑150 (MQ=255) aTCTCTGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAAATTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTAATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGc < 2:521799/150‑1 (MQ=255) ctctGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCa > 2:3067569/1‑150 (MQ=255) tctGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAg < 2:1837164/150‑1 (MQ=255) ctGCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAgg > 1:1030870/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGAt > 1:4383347/1‑150 (MQ=255) cGGGTGAAATTTTACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATa < 2:2551853/150‑1 (MQ=255) 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ttACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTTTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGa < 1:2885616/150‑1 (MQ=255) tACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTAATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGAt < 1:1486140/150‑1 (MQ=255) tACGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTAATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGAt > 1:4905341/1‑150 (MQ=255) aCGTTGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGAtg < 2:5084000/150‑1 (MQ=255) tGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTa < 2:4660928/150‑1 (MQ=255) tGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTa < 2:2842418/150‑1 (MQ=255) tGATACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTa > 2:394261/1‑150 (MQ=255) aTACTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTAAc > 1:2366845/1‑150 (MQ=255) aCTTCAAACCAATAAATATGTCGATACGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTTCTTGTTTTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTAACCa < 2:192588/150‑1 (MQ=255) aCTGCAAACCAATAAAAATGGCGATCCGTTCCGCACATTGCCATGCTTGCGGGTAATTTTGTTTTACTGCTTGTTGTAATGATTCATCACTATCGTTAATTGAAGCATGTTCAAGAATACGCCAGGATAAAAACTTCAGATGTGTAACCa > 1:2456930/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |