Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,904,977 | A→T | 80.6% | intergenic (‑92/+222) | pstS ← / ← glmS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity/L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,904,977 | 0 | A | T | 80.6% | 580.5 / 134.2 | 253 | intergenic (‑92/+222) | pstS/glmS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity/L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/24); new base T (107/97); total (132/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.70e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCATTCTGTGACAGAGAAAAAGTAGCCGAAGATGACGGTTTGTCA > CP009273/3904831‑3905123 | aTCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGtt > 2:3196157/1‑150 (MQ=255) aTCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGtt < 1:3965075/150‑1 (MQ=255) tCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGttt > 1:1505370/1‑150 (MQ=255) gATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTa > 2:4593680/1‑150 (MQ=255) gATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTa > 2:1716485/1‑150 (MQ=255) aTAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTAt < 2:945576/150‑1 (MQ=255) aTAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTAt > 2:2379418/1‑150 (MQ=255) tAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCAGAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATg < 2:693965/150‑1 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGa > 2:2037991/1‑150 (MQ=255) cggcgACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACagagag < 2:4686959/150‑1 (MQ=255) ggcgACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAgagaga > 2:3311344/1‑150 (MQ=255) gACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATaa > 1:908962/1‑150 (MQ=255) gACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATaa > 2:1071589/1‑150 (MQ=255) acaacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATaaa < 1:4928164/150‑1 (MQ=255) acaacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATaaa > 1:4536100/1‑150 (MQ=255) caacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAg < 2:5047032/150‑1 (MQ=255) aacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGt > 1:1011357/1‑150 (MQ=255) acaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTc < 1:2149951/150‑1 (MQ=255) tGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAg < 1:43863/150‑1 (MQ=255) tGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATACATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAg > 1:352860/1‑150 (MQ=255) cGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTc < 2:3090143/150‑1 (MQ=255) gACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCt > 1:576900/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTg < 1:3078290/150‑1 (MQ=255) cGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGATTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGa < 1:1986806/150‑1 (MQ=255) ggtggtACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGAt > 2:2285316/1‑150 (MQ=255) ggtACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTa < 1:2992640/150‑1 (MQ=255) gtACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTaa > 2:2793504/1‑150 (MQ=255) aaCTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGt < 1:332175/150‑1 (MQ=255) aCTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGtt > 1:1292562/1‑150 (MQ=255) cTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGAAAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTg < 1:2423956/150‑1 (MQ=255) tCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGata < 1:2783971/150‑1 (MQ=255) tCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGata < 1:4113467/150‑1 (MQ=255) aaTGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGTCAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCa > 2:4278767/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |