| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 325,740 | G→T | 78.5% | P189P (CCG→CCT) | betT → | choline transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 325,740 | 0 | G | T | 78.5% | 569.2 / 222.0 | 336 | P189P (CCG→CCT) | betT | choline transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/32); new base T (127/137); total (167/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATCGC > CP009273/325591‑325889 | tGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCtata > 2:3201241/1‑150 (MQ=255) gACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAgg > 1:5062886/1‑150 (MQ=255) aCGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGt > 2:3335313/1‑150 (MQ=255) cGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTc > 1:1456864/1‑150 (MQ=255) gCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGGTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCa > 1:1389523/1‑150 (MQ=255) cTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCAc > 1:5048675/1‑150 (MQ=255) tttCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCa < 1:2863872/150‑1 (MQ=255) tttCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTGGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCa < 1:3451609/150‑1 (MQ=255) tCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGAACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGt > 2:267034/1‑150 (MQ=255) ttAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCa > 2:225750/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGc < 1:1288753/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCg > 1:3253555/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGt > 2:4955558/1‑150 (MQ=255) ggCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTg < 2:576187/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGa > 1:2017093/1‑150 (MQ=255) cTGGTCTATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGAt > 1:3789340/1‑150 (MQ=255) tGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATc > 1:1415157/1‑150 (MQ=255) ggTCGATGTATGCGCTGATGGTCATGGCGCTCGGATAATTTAGATATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACACGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCg < 1:4885322/150‑1 (MQ=255) ggTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCg < 1:1180051/150‑1 (MQ=255) ggTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCg > 1:321750/1‑150 (MQ=255) gTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCgg > 2:3971765/1‑150 (MQ=255) cGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCa < 2:2838171/150‑1 (MQ=255) aTGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACt > 1:1086429/1‑150 (MQ=255) aTGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACt < 1:590598/150‑1 (MQ=255) aTGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACt < 1:1709475/150‑1 (MQ=255) tGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTa > 1:1743821/1‑150 (MQ=255) tATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATc > 2:3452152/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCt < 2:1684019/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCt > 2:2114251/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCt > 2:2509401/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCtt < 1:4516100/150‑1 (MQ=255) cgcTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCg < 1:2042251/150‑1 (MQ=255) tGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTa > 2:1791268/1‑150 (MQ=255) tGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTa > 1:3385013/1‑150 (MQ=255) tGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTa > 2:780367/1‑150 (MQ=255) gATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTAt > 1:2440579/1‑150 (MQ=255) aTGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTAtt < 2:1141064/150‑1 (MQ=255) cgcTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTAAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGc > 1:4104917/1‑150 (MQ=255) 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tACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATc < 1:2189415/150‑1 (MQ=255) aCTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCg > 2:4603758/1‑150 (MQ=255) cTTTAGCTATCGTTATACTTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCgg < 2:4244908/150‑1 (MQ=255) ttAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTCTCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGgtg > 2:4649670/1‑150 (MQ=255) aGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGtgtg > 1:2982209/1‑150 (MQ=255) 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ataATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTa < 2:3437205/150‑1 (MQ=255) taATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTaa > 2:2079813/1‑150 (MQ=255) taATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTaa > 1:566718/1‑150 (MQ=255) aTTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACt < 1:3807812/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATg < 1:3963981/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |