Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,932,241 | G→T | 13.9% | D219Y (GAT→TAT) | rbsR → | transcriptional repressor of ribose metabolism |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,932,241 | 0 | G | T | 13.9% | 879.2 / 82.2 | 292 | D219Y (GAT→TAT) | rbsR | transcriptional repressor of ribose metabolism |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/137); new base T (17/24); total (131/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CGCAATATCTGATCGATAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCGGGTTTGACGCTATGCGCCAACTGCTATCACATCCGCTGCGTCCTCAGGCCGTCTTTACCGGAAATGACGCTATGGCTGTTGGCGTTTACCAGGCGTTATATCAGGCAGAGTTACAGGTTCCGCAGGATATC > CP009273/3932092‑3932390 | cGCAATATCTGATCGATAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTg > 2:162362/1‑150 (MQ=255) gCAATATCTGATCGATAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGa > 1:2495183/1‑150 (MQ=255) atCTGATCGATAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTTATTTTg < 2:31292/150‑1 (MQ=255) atCTGATCGATAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTg < 1:1799393/150‑1 (MQ=255) gATCGATAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAAtt > 1:3634697/1‑150 (MQ=255) aTAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAAcg > 2:89792/1‑150 (MQ=255) tAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTACcgg < 2:1748311/150‑1 (MQ=255) tAAAGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAAcgn < 1:1760981/150‑2 (MQ=255) aaaGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAAcggc > 2:3569251/1‑150 (MQ=255) aaaGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAAcggc > 1:3150731/1‑150 (MQ=255) aaaGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAAcggc > 1:2154615/1‑150 (MQ=255) aGGTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTTATTTTGAATTTAAcggcgg > 2:4689622/1‑150 (MQ=255) ggTCATACCCGTATCGCCTGTATTACCGGCCCGCTGGATAAAACTCCGGCGCGCCTGCGGTTGGAAGGTTATCGGGCGGCGATGAAACGTGCGGGTCTCAACATTCCTGATGGCTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCggg > 2:106760/1‑150 (MQ=255) 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cTATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCGGGTTTGACGCTATGCGCCAACTGCTATCACATCCGCTGCGTCCTCAGGCCGTCTTTACCGGAAATGACGCTATGGCTGTTGGCGTTTACCAGGCGTTATATCAGGCAGAGTTACa < 1:4860154/150‑1 (MQ=255) tATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCGGGTTTGACGCTATGCGCCAACTGCTATCACATCCGCTGCGTCCTCAGGCCGTCTTTACCGGAAATGACGCTATGGCTGTTGGCGTTTACCAGGCGTTATATCAGGCAGAGTTACAg > 2:3158101/1‑150 (MQ=255) tATGAAGTCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCGGGTTTGACGCTATGCGCCAACTGCTATCACATCCGCTGCGTCCTCAGGCCGTCTTTACCGGAAATGACGCTATGGCTGTTGGCGTTTACCAGGCGTTATATCAGGCAGAGTTACAg < 2:1925985/150‑1 (MQ=255) tCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCGGGTTTGACGCTATGCGCCAACTGCTATCACATCCGCTGCGTCCTCAGGCCGTCTTTACCGGAAATGACGCTATGGCTGTTGGCGTTTACCAGGCGTTATATCAGGCAGAGTTACAGGTTCCGc < 1:1125574/150‑1 (MQ=255) tCACTGGTGATTTTGAATTTAACGGCGGGTTTGACGCTATGCGCCAACTGCTATCACATCCGCTGCGTCCTCAGGCCGTCTTTACCGGAAATGACGCTATGGCTGTTGGCGTTTACCAGGCGTTATATCAGGCAGAGTTACAGGTTCCGc > 1:3840015/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |