Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,037,484 | T→A | 100% | intergenic (+80/‑75) | dsbA → / → yihF | periplasmic protein disulfide isomerase I/DUF945 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,037,484 | 0 | T | A | 97.1% | 525.0 / 3.9 | 169 | intergenic (+80/‑75) | dsbA/yihF | periplasmic protein disulfide isomerase I/DUF945 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base A (87/75); total (90/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
AGCAATATGGATGTTTTTGTTCAGCAGTATGCTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAATGCATCCTGCCGCTGGACATTATTTCAGCATAAGTGGATATTCAAAGTTTTGCTGTTTTATCAGGGAATATTTATATGATACGTAAGTCAGCTACAGGTGTTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACA > CP009273/4037339‑4037630 | aGCAATTTGGATGTTTTTTTTCAGCAGTATGGTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTTAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAAAGCAt < 1:590255/150‑1 (MQ=255) aGCAATATGGATGTTTTTGTTCAGCAGTATGCTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAAAGCAt > 1:1533377/1‑150 (MQ=255) aGCAATATGGATGTTTTTGTTCAGCAGTATGCTGATACAGTGAAATATCTGTCCGAGAAAAAATAATTCAATGTAAATTACATAAAGCCCGTGAATATTCACGGGCTTTTTTTATTATTTAATAAATATAAATACATTCTGATAAAGCAt < 1:1252339/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |