| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,122,248 | A→T | 100% | intergenic (+53/‑296) | metL → / → metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,122,248 | 0 | A | T | 98.3% | 787.4 / 1.7 | 236 | intergenic (+53/‑296) | metL/metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base T (102/130); total (104/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGA > CP009273/4122101‑4122391 | aTAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTAt > 2:3505944/1‑150 (MQ=255) tAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATg > 2:2171375/1‑150 (MQ=255) aaCCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGa < 2:2504846/150‑1 (MQ=255) aCCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGaa > 1:177829/1‑150 (MQ=255) ccTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAat > 1:1848597/1‑150 (MQ=255) ctctGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAata < 2:1658633/150‑1 (MQ=255) ggTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATAtt > 2:3906869/1‑150 (MQ=255) gTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTg < 2:928664/150‑1 (MQ=255) tGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATAGCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTAGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGa > 1:105015/1‑150 (MQ=255) ccGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTa > 2:4629149/1‑150 (MQ=255) gcgGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATc < 1:641660/150‑1 (MQ=255) gcgGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATc < 1:3123346/150‑1 (MQ=255) cgGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCa > 2:3771576/1‑150 (MQ=255) ggACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCAt > 2:3198709/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAgg > 2:5015181/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGa > 1:2926625/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGAt > 2:3266151/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGAt > 2:484801/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGGTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGAt > 2:2556261/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGcc > 1:3055604/1‑150 (MQ=255) gggCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGTTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCg < 1:1060917/150‑1 (MQ=255) ggCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGGAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCgg > 1:4133948/1‑150 (MQ=255) ggCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCgg < 1:2107359/150‑1 (MQ=255) 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cACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGtt < 2:4202108/150‑1 (MQ=255) ccgccgGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTa < 1:1962962/150‑1 (MQ=255) gccgGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacg < 2:1137501/150‑1 (MQ=255) gccgGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacg < 1:3196455/150‑1 (MQ=255) cgGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTacgac < 2:2143612/150‑1 (MQ=255) 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gTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaag < 1:3032804/150‑1 (MQ=255) tCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaaga < 1:2002970/150‑1 (MQ=255) cGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaagaa < 2:631381/150‑1 (MQ=255) cGGATATCAACCGGCTGGCACAGTAGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAAGGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaagaa < 2:4812203/150‑1 (MQ=255) ggATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATAATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCaagaag > 2:2368334/1‑150 (MQ=255) 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tATGGTTTCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATc > 1:2738382/1‑150 (MQ=255) aTGGTTTCTTATGAAATATATTGATTTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATcc > 1:3853731/1‑150 (MQ=255) | ATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGA > CP009273/4122101‑4122391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |