Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,125,407 | C→A | 100% | H549N (CAT→AAT) | katG → | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,125,407 | 0 | C | A | 95.2% | 908.4 / 27.3 | 304 | H549N (CAT→AAT) | katG | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/11); new base A (143/144); total (147/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
TGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCG > CP009273/4125260‑4125551 | gggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATg < 2:1953344/150‑1 (MQ=255) gATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTa > 2:2952571/1‑150 (MQ=255) aTGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGTATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTAc < 2:4221083/150‑1 (MQ=255) aTGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTAc > 2:3122287/1‑150 (MQ=255) gAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGtt > 1:3184579/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGttt < 1:4800307/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTg < 1:208451/150‑1 (MQ=255) cgccgcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTgc < 1:2492880/150‑1 (MQ=255) cgccgcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTgc < 1:3690356/150‑1 (MQ=255) ccgcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTTTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTgcgc < 2:2639477/150‑1 (MQ=255) cgcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGcc > 1:2263881/1‑150 (MQ=255) gcATCCGTTAGTGCTCTGCCTGTTCATGAGAAAATACAGAAAGAGTCTTGTAAAGCCTCGCTGTCGGATATAATAGTGCTTGCTGGTGTTGTTTGAGTTGATAAATCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGAGCCg > 2:2222509/1‑150 (MQ=255) gcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCg < 2:1845075/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCgg > 1:4611576/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTc < 1:2361779/150‑1 (MQ=255) cGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTcg > 2:1313185/1‑150 (MQ=255) cGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGtt < 1:4447835/150‑1 (MQ=255) tGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGa < 1:5138600/150‑1 (MQ=255) gCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGAt < 1:1507337/150‑1 (MQ=255) gCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGGTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGAt > 1:4403243/1‑150 (MQ=255) ctctGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATg < 1:4196803/150‑1 (MQ=255) tctGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATgc < 2:4107511/150‑1 (MQ=255) gCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGcgcg > 2:1383251/1‑150 (MQ=255) cTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc < 2:1140426/150‑1 (MQ=255) tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa < 1:221993/150‑1 (MQ=255) ttCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAgg < 1:2832416/150‑1 (MQ=255) ttCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAgg < 1:90423/150‑1 (MQ=255) ggAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCa > 2:4053760/1‑150 (MQ=255) 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gCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCg > 2:3655320/1‑150 (MQ=255) gCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCg < 2:1558032/150‑1 (MQ=255) | TGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCG > CP009273/4125260‑4125551 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |