Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 29,139 | G→T | 100% | G256C (GGT→TGT) | dapB → | dihydrodipicolinate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 29,139 | 0 | G | T | 100.0% | 856.3 / NA | 257 | G256C (GGT→TGT) | dapB | dihydrodipicolinate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (128/129); total (128/129) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GGTTTTGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAACACATTTAATTTATTGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTT > CP009273/28992‑29285 | tgTTTTGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGt > 2:2018302/2‑150 (MQ=255) ggTTTTGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGt > 1:1987163/1‑150 (MQ=255) ttGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAgg < 1:4282683/150‑1 (MQ=255) gCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGaa > 1:3619280/1‑150 (MQ=255) gCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGaa < 2:3874740/150‑1 (MQ=255) ccACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGaaa < 2:4514845/150‑1 (MQ=255) ccACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGaaa > 2:2218700/1‑150 (MQ=255) cACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAg < 1:891138/150‑1 (MQ=255) gtgcgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGt > 2:2175121/1‑150 (MQ=255) gcgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCt < 2:5095631/150‑1 (MQ=255) gtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCttt > 2:3778710/1‑150 (MQ=255) tgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCtttt < 2:4373297/150‑1 (MQ=255) aGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGATAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAACGGTCTTTTTGa > 2:2886575/1‑150 (MQ=255) gTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata < 1:3334233/150‑1 (MQ=255) tGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:2597774/1‑150 (MQ=255) tGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat > 1:2000675/1‑150 (MQ=255) tGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGatat < 1:3033289/150‑1 (MQ=255) aCATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGc < 1:4931184/150‑1 (MQ=255) aCATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTGTGATATGc > 1:3562666/1‑150 (MQ=255) tCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCgag > 1:1011892/1‑150 (MQ=255) tCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCgag < 1:2392781/150‑1 (MQ=255) gTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTAc > 2:4118881/1‑150 (MQ=255) aTACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtc > 1:2688011/1‑150 (MQ=255) tACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtct < 1:1825893/150‑1 (MQ=255) tACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGATAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtct < 1:1254550/150‑1 (MQ=255) tACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGACGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGATTTGTAATGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtct > 1:1140273/1‑150 (MQ=255) aCCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAtctc < 2:2524198/150‑1 (MQ=255) ccGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCa < 2:3927278/150‑1 (MQ=255) cgcgATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaa < 1:429733/150‑1 (MQ=255) cgcgATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaa > 2:1225919/1‑150 (MQ=255) cgATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaata > 1:3046252/1‑150 (MQ=255) gATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaataa > 1:184638/1‑150 (MQ=255) gATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaataa > 2:211577/1‑150 (MQ=255) gATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCaataa < 2:537958/150‑1 (MQ=255) ttGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGt > 2:136594/1‑150 (MQ=255) gCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTaa > 2:5004940/1‑150 (MQ=255) gCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTaa < 2:1705961/150‑1 (MQ=255) ccGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAAc > 1:1775050/1‑150 (MQ=255) ccGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAAc > 2:2120116/1‑150 (MQ=255) cGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAAcc > 1:1022455/1‑150 (MQ=255) cGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGAGCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTACGGAACGCGGTCTTTTTGATATGCGAGAGGTACGTGATCTCAATAATTAGTATcc > 2:4816153/1‑150 (MQ=255) gATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACca < 1:1896136/150‑1 (MQ=255) gATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACca > 2:3620289/1‑150 (MQ=255) atatTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGTCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACcac < 1:402187/150‑1 (MQ=255) ggCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAat > 1:543855/1‑150 (MQ=255) gCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAata < 2:890007/150‑1 (MQ=255) gAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATAtt < 2:3146197/150‑1 (MQ=255) gAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATAtt < 2:1905185/150‑1 (MQ=255) 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ccATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAAt > 2:4727759/1‑150 (MQ=255) aTAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATaa < 2:3653629/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAaca > 2:4937052/1‑150 (MQ=255) aaGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAaca < 2:1813396/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAaca > 1:5074745/1‑150 (MQ=255) aaGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGAACTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAaca < 2:3732798/150‑1 (MQ=255) aGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAacac < 1:1571780/150‑1 (MQ=255) ggCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAAcaca > 1:2263853/1‑150 (MQ=255) gCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAACACat < 2:3387879/150‑1 (MQ=255) gCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAACACat < 2:3989370/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |