| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,225,741 | G→T | 100% | intergenic (+406/‑93) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,225,741 | 0 | G | T | 99.4% | 672.1 / ‑4.1 | 211 | intergenic (+406/‑93) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (110/98); total (112/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCGCGCCGTAATTCGCATGCTTTAGTTGTGTATACTCGATCCCGCCCGAAATGTTTTTGGGTAAATCTCCATTCATTCAATGAAGGGAAATTGTTATGAAAAAAGTTCTGTATGGCATTTTTGCCATATCTGCGCTTGCGGCGACTTC > CP009273/4225595‑4225886 | aTCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATTATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCTCGCCg > 1:3046209/1‑150 (MQ=255) cGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCTCGCCGTa < 2:1076739/150‑1 (MQ=255) gttgttTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCTCGCCGTaa < 2:1734174/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |