| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,272,352 | T→C | 92.1% | T218A (ACT→GCT) | yjcF ← | pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,272,352 | 0 | T | C | 92.1% | 668.1 / 31.6 | 202 | T218A (ACT→GCT) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/9); new base C (80/106); total (87/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCAAGGAAGGTATTTTTAATATTGGCTCTATTCATTGTTGCATTGTAGAATTGAACATGCATAGCGGAACATGAATTTAGAGTTCCGTCAGTCATTTTTATCTGAGCGAAATTTGAGTCATCGAGAATACAATTATCAAAAAGTATTTTTTCCATTATGGCGAAATTAAAATTCGTTTTATACATATTACAGTCCTGAAAAATAGCGTTTTGTAGTCTGCAACCTGCAAAAT > CP009273/4272203‑4272501 | aaTATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCAAGGAAGGTATTTTTAATATTGGCTCTATTCATTGTTGCATTGTAGAATTGAACATGCATAGCGGAACATGAATTTAGAGt > 2:1216275/1‑150 (MQ=255) tatGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCAAGGAAGGTATTTTTAATATTGGCTCTATTCATTGTTGCATTGTAGAATTGAACATGCATAGCGGAACATGAATTTAGAGCTCCg > 2:4069253/1‑150 (MQ=255) tatGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCATGTATGCCATATAAAAATTTGAATAATCAAGGAAGGTATTTTTAATATTGGCTCTATTAATTGTATCATTGTAGAATTGAACATGCATAGCGGAACATGAATTTAGAGCTCCg > 1:2183122/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |