| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,417,122 | G→T | 100% | R40S (CGT→AGT) | yjfZ ← | uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,417,122 | 0 | G | T | 97.7% | 664.1 / 3.3 | 217 | R40S (CGT→AGT) | yjfZ | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/0); new base T (76/134); total (83/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CATCCAAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACGATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGAATAAATAGTCGTTGGTAATGTCATTGTAATGTTACCTGTTTAATGTTTTTATA > CP009273/4416977‑4417268 | catccaAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTAttt < 2:3911254/150‑1 (MQ=255)catccaAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTAttt < 1:4570895/150‑1 (MQ=255) ccaATAGAATTATCAACATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCTCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACATTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGaa < 1:1439241/150‑1 (MQ=255) gAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTATGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACAATTTGAAAGTAAt > 1:2577307/1‑150 (MQ=255) aaTTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATg < 1:1085088/150‑1 (MQ=255) ttATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTa < 2:1427349/150‑1 (MQ=255) tATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAg < 2:2698328/150‑1 (MQ=255) aTCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgc < 2:5001101/150‑1 (MQ=255) aTCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgc < 2:1408908/150‑1 (MQ=255) tCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgcg < 2:671738/150‑1 (MQ=255) tCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgcg < 2:4496236/150‑1 (MQ=255) aCCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGcgcg > 2:853270/1‑150 (MQ=255) aCCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGcgcg > 1:1388052/1‑150 (MQ=255) ccATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCgcgt < 1:4349451/150‑1 (MQ=255) attcattGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCgcgtgc < 1:2663449/150‑1 (MQ=255) ttcattGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCgcgtgcg > 2:3946141/1‑150 (MQ=255) ttcattGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCgcgtgcg < 1:4458211/150‑1 (MQ=255) attGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTAt > 1:3927840/1‑150 (MQ=255) 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acacCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTgg > 1:357953/1‑150 (MQ=255) cacCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGt < 2:4842956/150‑1 (MQ=255) cacCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGt < 1:105813/150‑1 (MQ=255) cacCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTAAGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACGATTTGAAATTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGt > 2:3180363/1‑150 (MQ=255) acCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGtt > 2:4301753/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |