Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,427,647 | G→A | 100% | D42N (GAT→AAT) | ytfI → | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,427,647 | 0 | G | A | 98.0% | 636.2 / 2.0 | 196 | D42N (GAT→AAT) | ytfI | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (94/98); total (96/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
AACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCTT > CP009273/4427500‑4427793 | aCCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAAtt > 1:1577059/1‑150 (MQ=255) aataaaataaTGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACAAAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGAt < 2:4011575/150‑1 (MQ=255) ataaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATAGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGAtt < 2:5012285/150‑1 (MQ=255) aaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTc > 2:4557670/1‑150 (MQ=255) aaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCg < 1:763574/150‑1 (MQ=255) aaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCg < 2:1904669/150‑1 (MQ=255) aaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCg < 2:3631332/150‑1 (MQ=255) aaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCg < 1:1939287/150‑1 (MQ=255) taaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAAt > 2:1059833/1‑150 (MQ=255) aGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTa > 2:858474/1‑150 (MQ=255) aGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTa < 1:5079829/150‑1 (MQ=255) ttGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGa > 2:2962662/1‑150 (MQ=255) tGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGAt > 2:3278839/1‑150 (MQ=255) tGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGAt > 1:2389534/1‑150 (MQ=255) gTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATa < 1:1120134/150‑1 (MQ=255) tCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAg > 2:736603/1‑150 (MQ=255) tatGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCt > 2:3709891/1‑150 (MQ=255) tGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGt < 1:90156/150‑1 (MQ=255) tACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTaa < 1:4566421/150‑1 (MQ=255) tACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTaa > 1:2437443/1‑150 (MQ=255) aCCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAAc > 2:4706661/1‑150 (MQ=255) ccAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACtt > 1:3489666/1‑150 (MQ=255) ccAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACtt > 1:3693035/1‑150 (MQ=255) cAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACttt < 1:2882889/150‑1 (MQ=255) cAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACttt > 2:2226718/1‑150 (MQ=255) cAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACttt < 2:1449761/150‑1 (MQ=255) aGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTg > 2:4357158/1‑150 (MQ=255) gATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAg > 1:1682507/1‑150 (MQ=255) aTCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAgg > 2:4644749/1‑150 (MQ=255) aTCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAgg > 2:2757976/1‑150 (MQ=255) aTCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAgg > 2:4431179/1‑150 (MQ=255) aGACAAATTAATTTTATTGGTGCGGTGTTTTTATTTTTAAATTCTTCGTTTAAAAAAAAACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATG‑ATTTAACGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAg < 2:223177/150‑1 (MQ=255) aataatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCttt < 1:4460956/150‑1 (MQ=255) taatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCg < 2:1734695/150‑1 (MQ=255) taatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCg > 2:910938/1‑150 (MQ=255) ttttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTg < 2:3295573/150‑1 (MQ=255) ttttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTg > 2:3055688/1‑150 (MQ=255) tttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTgc < 1:694738/150‑1 (MQ=255) tttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAAGTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTgc > 2:3342659/1‑150 (MQ=255) tATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTgcgc > 1:4377432/1‑150 (MQ=255) aTTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCa < 1:227650/150‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCaa < 1:3320484/150‑1 (MQ=255) tGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAAc > 1:954828/1‑150 (MQ=255) ggTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACt < 1:3062177/150‑1 (MQ=255) ggTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACt > 1:4212251/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTGGAGTTATTTGTAAAGTATTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGTGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTc < 1:1359241/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCa < 2:1404665/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCa < 2:1404654/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAg > 2:1453220/1‑150 (MQ=255) gCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAg > 1:621400/1‑150 (MQ=255) ggTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAt > 2:1550043/1‑150 (MQ=255) ggTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAt > 1:5063153/1‑150 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAtt < 2:1057530/150‑1 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAtt > 1:4335842/1‑150 (MQ=255) tGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTg < 2:3698638/150‑1 (MQ=255) tGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTg > 1:879695/1‑150 (MQ=255) tGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTg > 1:47487/1‑150 (MQ=255) tGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTg > 2:707050/1‑150 (MQ=255) gTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaa > 2:2680838/1‑150 (MQ=255) ttATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaaa > 1:3277672/1‑150 (MQ=255) ttATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaaa > 1:104054/1‑150 (MQ=255) ttATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTAGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaaa > 2:5036979/1‑150 (MQ=255) ttATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCAGGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaaa > 1:4372200/1‑150 (MQ=255) tttGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGt < 2:2133566/150‑1 (MQ=255) tGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTgg > 1:4124143/1‑150 (MQ=255) gTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCa < 1:4631546/150‑1 (MQ=255) tCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAg < 2:2064877/150‑1 (MQ=255) tCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAg < 2:3255374/150‑1 (MQ=255) cGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGc > 1:2107150/1‑150 (MQ=255) tataCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGAAAGCCTGTTAACATTGAGGGAGTTCTTTCGTTTCTCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCtt > 1:2682836/1‑150 (MQ=255) cAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtcat < 1:1413822/150‑1 (MQ=255) aaaaCACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtcatca > 1:55728/1‑150 (MQ=255) acaTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaaaaaa > 2:4185624/1‑150 (MQ=255) acaTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaaaaaa > 2:4929007/1‑150 (MQ=255) caTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAAt < 1:1289521/150‑1 (MQ=255) aTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATg < 2:3833645/150‑1 (MQ=255) aaCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACt < 2:3170740/150‑1 (MQ=255) aCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTg > 1:4771425/1‑150 (MQ=255) cAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGt > 2:560789/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCATAAAATGAAACTGtt > 2:3463926/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTTAACAACATCCATCATTCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTc < 1:1001867/150‑1 (MQ=255) aTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTc < 2:3416096/150‑1 (MQ=255) tttttttAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCa < 1:1729155/150‑1 (MQ=255) tttttAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACg < 2:4881893/150‑1 (MQ=255) ttAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCa < 2:3665195/150‑1 (MQ=255) ttAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAAATGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCa < 1:2310654/150‑1 (MQ=255) tAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCAt > 2:1576336/1‑150 (MQ=255) tAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCAt < 1:4557670/150‑1 (MQ=255) acaacaTCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATgg > 1:3004640/1‑150 (MQ=255) acaTCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATa < 2:828668/150‑1 (MQ=255) catcatGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGttt < 1:816902/150‑1 (MQ=255) tcatGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTca < 1:4357158/150‑2 (MQ=255) catGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCtt < 2:2482076/150‑1 (MQ=255) atGCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTa < 1:2428228/150‑1 (MQ=255) gCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTacc < 1:3725524/150‑3 (MQ=255) gCATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATc < 1:2619165/150‑1 (MQ=255) cATTTAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCa > 1:1796898/1‑150 (MQ=255) tAA‑GAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGttt < 1:1235633/150‑1 (MQ=255) aaaaaaATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGcc > 1:1851785/1‑150 (MQ=255) aaaaATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCtt < 1:4654720/150‑1 (MQ=255) | AACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAA‑GAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCTT > CP009273/4427500‑4427793 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |