Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,428,092 | G→T | 100% | G190V (GGA→GTA) | ytfI → | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,428,092 | 0 | G | T | 98.6% | 670.5 / 0.6 | 211 | G190V (GGA→GTA) | ytfI | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base T (117/91); total (120/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
ATATTCTACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTCATAGAATCTTTGGGCTTTGCGCTTAAAATCTATGGAGGGGATGAACGTTTTCGTAATGGTTCCTCTGTTGTTTTG > CP009273/4427945‑4428237 | atatTCTACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCagtag < 1:11628/150‑1 (MQ=255) atTCTACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGt < 2:3254086/150‑1 (MQ=255) ttCTACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTg > 1:1115523/1‑150 (MQ=255) cTACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGa < 2:58562/150‑1 (MQ=255) tACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGaa > 1:1261553/1‑150 (MQ=255) tACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGaa > 1:3162996/1‑150 (MQ=255) tACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGaa > 1:1622704/1‑150 (MQ=255) tACAGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGaa > 1:2149569/1‑150 (MQ=255) aGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTa > 1:3014129/1‑150 (MQ=255) aGAAAAAACAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTa > 1:422812/1‑150 (MQ=255) aaaaCAGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGa > 2:2975482/1‑150 (MQ=255) aGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCg > 1:1964721/1‑150 (MQ=255) aGTCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCg < 1:3280061/150‑1 (MQ=255) tCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgat < 1:20540/150‑1 (MQ=255) tCTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgat > 1:1200809/1‑150 (MQ=255) cTGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgatg < 2:1321024/150‑1 (MQ=255) tGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgatgg < 2:5136824/150‑1 (MQ=255) tGACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGGAGGTGGAATTAAAGAATGCgatgg > 1:933300/1‑150 (MQ=255) gACATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgatgga > 2:1965007/1‑150 (MQ=255) aCATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgatggat > 1:324226/1‑150 (MQ=255) cATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgatggatg < 1:2928446/150‑1 (MQ=255) cATACCGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCgatggatg > 1:3067177/1‑150 (MQ=255) ccGAAAAGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGtat < 2:911250/150‑1 (MQ=255) aaaaGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAtt < 2:2131679/150‑1 (MQ=255) aaaaGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAtt < 1:4673744/150‑1 (MQ=255) aaaGGATTAACGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt < 1:3028041/150‑1 (MQ=255) aaaGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt < 1:3100962/150‑1 (MQ=255) aaaGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt > 1:1579748/1‑150 (MQ=255) aaaGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATAttt > 1:2060427/1‑150 (MQ=255) aaGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTa > 1:3840872/1‑150 (MQ=255) aGGATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTAc > 2:716592/1‑150 (MQ=255) gATTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGa > 1:2047398/1‑150 (MQ=255) aTTAAAGGTTATATTCACCAGGCGATTGGTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGAGATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGaa > 2:1492667/1‑150 (MQ=255) 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ggTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATa < 1:4587272/150‑1 (MQ=255) gTGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAg > 2:3479922/1‑150 (MQ=255) tGACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGt > 2:2825881/1‑150 (MQ=255) gACGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTc > 2:3986489/1‑150 (MQ=255) aCGTGTCTTTAGGTTATGCCTTATTGGAGGATATAGTAAGCAAATTAAAACGGGGTAAATTTGAACTCCAAATACCAGTAGGTGGAATTAAAGAATGCGATGGATGGTATATTTACGAAAAAATAATTGATGATAATTTTGCCATAGTCa < 1:4415695/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |