| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,432,031 | G→A | 100% | intergenic (‑38/‑168) | msrA ← / → tamA | methionine sulfoxide reductase A/translocation and assembly module for autotransporter export, outer membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,432,031 | 0 | G | A | 99.3% | 926.9 / ‑2.9 | 277 | intergenic (‑38/‑168) | msrA/tamA | methionine sulfoxide reductase A/translocation and assembly module for autotransporter export, outer membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (143/132); total (145/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GTCATTGAGTGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGGTTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAA > CP009273/4431884‑4432177 | aTTGAGTGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTa < 1:4952735/150‑1 (MQ=255) aTTGAGTGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTa > 1:3879388/1‑150 (MQ=255) aGTGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCCTTGGGGTTAAGATTGTAACaa > 2:4791288/1‑150 (MQ=255) aGTGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACaa > 2:4555483/1‑150 (MQ=255) tGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAaga > 1:1047446/1‑150 (MQ=255) tGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAaga > 2:662442/1‑150 (MQ=255) tGACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAaga < 1:831722/150‑1 (MQ=255) gACCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAagag > 2:3530427/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAgg < 2:2854256/150‑1 (MQ=255) cGTTGACCGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCg < 2:2615671/150‑1 (MQ=255) aCCGCCTGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTAttt < 2:2674508/150‑1 (MQ=255) ccGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTg > 1:321883/1‑150 (MQ=255) cGCATGCAGCGTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGc > 2:4945647/1‑150 (MQ=255) gTGGCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAac < 1:5060338/150‑1 (MQ=255) ggCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAacca > 1:2491404/1‑150 (MQ=255) ggCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAacca < 2:4957052/150‑1 (MQ=255) ggCTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAacca < 2:1999848/150‑1 (MQ=255) cTACGGGCATCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAaccacc > 2:5043750/1‑150 (MQ=255) 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tCGGGGTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAgg > 2:1835850/1‑150 (MQ=255) gggTGTTACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCt < 1:4499181/150‑1 (MQ=255) ttACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGt > 2:2810312/1‑150 (MQ=255) tACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTa < 2:2268656/150‑1 (MQ=255) tACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTa < 2:4043982/150‑1 (MQ=255) tACGTCCAGGCAGGGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTa < 2:4325197/150‑1 (MQ=255) aggcaggGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATa > 1:3291275/1‑150 (MQ=255) aggcaggGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATa > 2:1644968/1‑150 (MQ=255) aggcaggGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATa < 1:1525348/150‑1 (MQ=255) aggGCATCGGCGGGGGAAACCAGATGCTTTTTATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGaa > 1:4974586/1‑150 (MQ=255) 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tATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCa < 1:680465/150‑1 (MQ=255) tATCAAATAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCa < 2:3367343/150‑1 (MQ=255) aaTAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATACGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTa > 2:1801670/1‑150 (MQ=255) aaTAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTa < 1:1887765/150‑1 (MQ=255) aaTAAACTCATGGTGTCGCTCTCCCGAAAATCGGTCATTGGGGTTAAGATTGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTa < 1:3421993/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |