| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,523,001 | T→A | 100% | intergenic (‑1/+55) | yjhP ← / ← yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,523,001 | 0 | T | A | 98.9% | 904.9 / ‑0.8 | 275 | intergenic (‑1/+55) | yjhP/yjhQ | putative methyltransferase/putative acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (126/146); total (127/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CTCGCCCGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATTATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCGGTTTCATCAGGGTCTGCGCACCGGATGTGGCCGGTCAGGGTCATGGGCTGAGCGGTGAGTGATTGCATCATCCAG > CP009273/4522854‑4523146 | gccGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTCTGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTaa > 2:4949637/2‑150 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAAt < 1:352981/150‑1 (MQ=255) cGAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCAtaatttaatt < 1:2735287/150‑1 (MQ=255) gAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTc > 2:3532656/1‑150 (MQ=255) gAGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTc > 1:516491/1‑150 (MQ=255) aGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTcc < 2:3629738/150‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTcc > 2:4772682/1‑150 (MQ=255) aGCCGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTcc < 1:3251605/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTg > 1:3224296/1‑150 (MQ=255) cGCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGt < 1:1656251/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGtt < 1:4958971/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGtt < 1:64747/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGtt < 1:64722/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGtt < 1:1420540/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTAtt < 2:1394479/150‑1 (MQ=255) cGAGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTgg < 1:5059470/150‑1 (MQ=255) aGGTCAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGt < 1:3408646/150‑1 (MQ=255) cAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAg > 1:440524/1‑150 (MQ=255) cAAGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAg < 1:176046/150‑1 (MQ=255) aaGAATGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGc < 1:126811/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCtt < 1:3350398/150‑1 (MQ=255) aTGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTa > 2:3007797/1‑150 (MQ=255) tGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTaa < 1:419576/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTaa < 1:678721/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTaaa > 1:3818916/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTaaa < 2:2790612/150‑1 (MQ=255) gTGCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAgg < 1:265677/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGac < 2:1696350/150‑1 (MQ=255) ccGGCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGacac < 1:3461506/150‑1 (MQ=255) ggCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACacaa > 2:66876/1‑150 (MQ=255) ggCTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACacaa < 1:4650626/150‑1 (MQ=255) cTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACacaaca > 2:4495929/1‑150 (MQ=255) cTTCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGAGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACacaaca > 2:2943559/1‑150 (MQ=255) ttCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACAcaacaa > 2:4347701/1‑150 (MQ=255) tCATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAg < 2:5133443/150‑1 (MQ=255) cATGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGa > 1:2595200/1‑150 (MQ=255) aTGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt < 1:4782700/150‑1 (MQ=255) aTGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt < 1:117511/150‑1 (MQ=255) aTGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACGTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAt < 2:378559/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGATAGGGTTATGGATGCTGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATACATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAtt < 1:4859801/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGAtt < 1:867136/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTg < 1:4489951/150‑1 (MQ=255) cgcAGCACGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGt < 1:2076354/150‑1 (MQ=255) cagcaCGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTa > 1:966340/1‑150 (MQ=255) gcaCGCGACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTAtt < 2:3173675/150‑1 (MQ=255) cgcgACCCAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCAc < 2:4107189/150‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTg > 1:1900473/1‑150 (MQ=255) aGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGc < 2:90817/150‑1 (MQ=255) aGCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGc > 1:3190618/1‑150 (MQ=255) gCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCt < 2:2362602/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCt < 2:3315816/150‑1 (MQ=255) gTGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTcc < 1:2245629/150‑1 (MQ=255) tGGCGTACTTCTCTTCGGTGAACGGGTTATGGATGCGGTGTTCACTTTCGCTGATGGTAAAAATACGTGGGATATCCATAATTTAATTCCTGTTATTGGGTTAAGCCTTAAAAAGGACACAACAAGATTGTTATTCACGTCAGTGCTCCg < 1:2803353/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |