| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,543,413 | G→T | 17.4% | A232A (GCG→GCT) | uxuB → | D‑mannonate oxidoreductase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,543,413 | 0 | G | T | 17.4% | 834.8 / 114.2 | 298 | A232A (GCG→GCT) | uxuB | D‑mannonate oxidoreductase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/123); new base T (20/32); total (143/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGC > CP009273/4543264‑4543562 | aTGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGgcggcg > 2:4334734/1‑150 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGa < 2:2565042/150‑1 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGa > 1:1796013/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCGATAACGTGGGTGAAAACGGTCATGTGGAGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCTTGGATTGAAGAAAATGTCTCCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGTCGGCGAc < 2:3871266/150‑1 (MQ=255) cTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGcc > 2:2068423/1‑150 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCTACGCCa < 1:4004038/150‑1 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCTACGCCa < 1:5067419/150‑1 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCa < 2:4012139/150‑1 (MQ=255) cgtgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCtt < 1:4041850/150‑1 (MQ=255) gtgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCTACGCCAGAAACCTTa < 2:1307410/150‑1 (MQ=255) tgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCTACGCCAGAAACCTTAc < 1:1966700/150‑1 (MQ=255) gcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACa < 1:4416254/150‑1 (MQ=255) aaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAACtt > 2:1666065/1‑150 (MQ=255) aaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAAtt < 1:1416246/150‑1 (MQ=255) aaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAAtt < 2:1470448/150‑1 (MQ=255) ggTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCt < 2:2932526/150‑1 (MQ=255) ggTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCt > 2:3615057/1‑150 (MQ=255) gTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTg < 1:2120696/150‑1 (MQ=255) 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gAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCACGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTggg > 2:4545450/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgt > 1:2611551/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgt > 2:2289867/1‑150 (MQ=255) aGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgtg < 2:4985848/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgtg < 2:1800008/150‑1 (MQ=255) cgcgGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTa < 1:1327374/150‑1 (MQ=255) gcgGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTAc < 1:2296347/150‑1 (MQ=255) cgGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACg > 2:4744295/1‑150 (MQ=255) gTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCTACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGAc > 2:3887143/1‑150 (MQ=255) gTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAACTTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGAc > 2:2135095/1‑150 (MQ=255) 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cccGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGtt < 1:2928136/150‑1 (MQ=255) cccGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGtt > 2:1972055/1‑150 (MQ=255) cGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTcc > 1:2200423/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTc < 1:4634099/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCa > 2:285134/1‑150 (MQ=255) 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tGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCg < 1:1275482/150‑1 (MQ=255) cACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCTACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGa < 2:115861/150‑1 (MQ=255) aCCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGAt > 2:2596643/1‑150 (MQ=255) aCCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGAt > 2:5154333/1‑150 (MQ=255) ccATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGAtt < 2:2506143/150‑1 (MQ=255) tGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTggg < 1:1434670/150‑1 (MQ=255) tGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGCCCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGAGTGGGATaa > 2:3699203/1‑150 (MQ=255) gCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTgg < 1:4140531/150‑1 (MQ=255) aTCGTTCCGGCGGCTACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGgc > 2:3790925/1‑150 (MQ=255) aTCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGgc > 2:3550675/1‑150 (MQ=255) aTCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGgc > 2:3952683/1‑150 (MQ=255) cGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGgcgc > 2:1154800/1‑150 (MQ=255) ttCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGcac < 1:2289867/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGTTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAg < 1:2031802/150‑1 (MQ=255) cggcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCg < 1:3669137/150‑1 (MQ=255) cggcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCg < 1:3324906/150‑1 (MQ=255) cggcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCg > 1:2383146/1‑150 (MQ=255) tgcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGTGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGt > 1:2592630/2‑150 (MQ=255) ggcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGt < 1:476671/150‑1 (MQ=255) ggcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGt > 2:1495978/1‑150 (MQ=255) gcgACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGtt < 1:4334734/150‑1 (MQ=255) gACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGc < 2:2330216/150‑1 (MQ=255) | ATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGC > CP009273/4543264‑4543562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |