| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 372,581 | G→T | 100% | A118A (GCG→GCT) | yaiL → | DUF2058 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 372,581 | 0 | G | T | 97.5% | 1026.4 / 11.4 | 322 | A118A (GCG→GCT) | yaiL | DUF2058 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/5); new base T (168/146); total (171/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
AAAGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGACCC > CP009273/372435‑372727 | aaaGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTAtt > 2:487717/1‑150 (MQ=255)aaaGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTAtt > 2:3568191/1‑150 (MQ=255) aaGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTg > 2:5004801/1‑150 (MQ=255) aGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGc > 2:3994473/1‑150 (MQ=255) tCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCg < 2:886758/150‑1 (MQ=255) tCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCg < 1:3587289/150‑1 (MQ=255) tGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCttgt < 1:1325405/150‑1 (MQ=255) gAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTTCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCTCTGACGGCAATCTGATTAAGTAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCttgtt < 1:2540609/150‑1 (MQ=255) 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cGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGca < 2:2837742/150‑1 (MQ=255) gATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGcac > 1:682968/1‑150 (MQ=255) tAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAg < 2:1363432/150‑1 (MQ=255) aaGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgc < 2:449482/150‑1 (MQ=255) cTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcg > 2:3479735/1‑150 (MQ=255) tCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcgc > 2:4455515/1‑150 (MQ=255) cacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGAGCGCTCa > 2:2619770/1‑150 (MQ=255) acaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAg > 1:2433523/1‑150 (MQ=255) caGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAgc > 2:2138335/1‑150 (MQ=255) aGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAgcg < 2:2445357/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGcc < 1:3259237/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGcc < 1:1801872/150‑1 (MQ=255) cAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGaa < 2:2816524/150‑1 (MQ=255) aGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAag > 1:459115/1‑150 (MQ=255) aTTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAg > 1:812578/1‑150 (MQ=255) ttAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAgg < 2:2328994/150‑1 (MQ=255) aaTGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGAt > 2:2550792/1‑150 (MQ=255) gtcgtcTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAg < 1:4160406/150‑1 (MQ=255) tcgtcTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAga > 2:3021855/1‑150 (MQ=255) gtcTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacg < 2:3495406/150‑1 (MQ=255) tcTGGCTAGTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacga < 1:3108098/150‑1 (MQ=255) cTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacgac > 1:3535964/1‑150 (MQ=255) | AAAGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGACCC > CP009273/372435‑372727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |