| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 385,815 | G→T | 100% | pseudogene (109/1458 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 385,815 | 0 | G | T | 98.1% | 662.5 / 1.5 | 207 | pseudogene (109/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base T (110/92); total (114/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAAC > CP009273/385668‑385958 | aTGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCtata > 2:1281116/1‑150 (MQ=255) ggATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAAt > 2:1352860/1‑150 (MQ=255) ggATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAAt > 2:1804601/1‑150 (MQ=255) gATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATc > 2:2680525/1‑150 (MQ=255) aTCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATcc < 2:1761354/150‑1 (MQ=255) tCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATccc < 1:2789570/150‑1 (MQ=255) tCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATccc > 1:4240887/1‑150 (MQ=255) tCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATccc > 1:4241120/1‑150 (MQ=255) tCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATccc < 1:3796882/150‑1 (MQ=255) cAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCg > 1:1030329/1‑150 (MQ=255) cAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCg < 2:1329470/150‑1 (MQ=255) aaCTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGt > 2:1425656/1‑150 (MQ=255) aaCTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTGGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGt > 2:3096708/1‑150 (MQ=255) aCTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGtt > 2:2001301/1‑150 (MQ=255) aCTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGtt < 2:2225818/150‑1 (MQ=255) cTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTa < 1:682801/150‑1 (MQ=255) ttattaCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTAc < 2:4459158/150‑1 (MQ=255) ttaCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGc < 2:1414004/150‑1 (MQ=255) ttaCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGc > 2:4836921/1‑150 (MQ=255) taCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCa > 1:3505803/1‑150 (MQ=255) taCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCa > 1:3442860/1‑150 (MQ=255) taCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGCCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCa > 2:1488777/1‑150 (MQ=255) tCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTg < 1:3942055/150‑1 (MQ=255) cccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGa < 1:3255648/150‑1 (MQ=255) ccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGAt < 2:122949/150‑1 (MQ=255) tGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTg < 1:3807378/150‑1 (MQ=255) tGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTg > 2:538042/1‑150 (MQ=255) gaggagGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTgg < 1:2234177/150‑1 (MQ=255) gaggagGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTgg > 2:3607432/1‑150 (MQ=255) gaggagGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTgg > 2:2858230/1‑150 (MQ=255) ggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGa > 2:3684532/1‑150 (MQ=255) gaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGAt < 2:2127494/150‑1 (MQ=255) aggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATc < 2:3956322/150‑1 (MQ=255) aggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCAATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATc > 1:4726524/1‑150 (MQ=255) ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 1:4652875/150‑1 (MQ=255) tGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATg > 2:2197718/1‑150 (MQ=255) tGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATg < 1:1096159/150‑1 (MQ=255) cAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt > 1:4332935/1‑150 (MQ=255) aaaTGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATa > 1:4574065/1‑150 (MQ=255) aCTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcag < 2:454268/150‑1 (MQ=255) cTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAgggcagg < 1:3611676/150‑1 (MQ=255) cTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcagg > 1:153155/1‑150 (MQ=255) cTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcagg > 1:1421912/1‑150 (MQ=255) ccTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAggcaggca > 2:3510875/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCAc < 1:2416132/150‑1 (MQ=255) tGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATCCCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACt > 1:1992791/1‑150 (MQ=255) tGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACt > 2:4070286/1‑150 (MQ=255) ggAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTg < 1:2733975/150‑1 (MQ=255) ggAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTg > 1:4469650/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGt < 1:63122/150‑1 (MQ=255) gAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGt < 1:63224/150‑1 (MQ=255) aaaaGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAg < 2:2613821/150‑1 (MQ=255) aaGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGAt > 1:2075281/1‑150 (MQ=255) aaGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGAt > 1:3995951/1‑150 (MQ=255) aaCTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCa > 2:2677237/1‑150 (MQ=255) aCTTTTAGTATCACTATTAGCATTGGCTTGCTCTCTTGCTATCTCCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTTGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGAACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa < 1:505967/150‑1 (MQ=255) aCTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa < 1:2130816/150‑1 (MQ=255) tagtaTCACAATTAGCATTGGCTTGCAGTCTGGCTATCACCTCTCAGGATATTGCATCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGTGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATg < 1:478575/150‑1 (MQ=255) agtaTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGt > 2:4043099/1‑150 (MQ=255) gtaTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTa > 2:1018141/1‑150 (MQ=255) tCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAAc < 1:1080784/150‑1 (MQ=255) cacaATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACt < 2:361983/150‑1 (MQ=255) cacaATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACt < 1:2974786/150‑1 (MQ=255) aGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTgg < 2:1899233/150‑1 (MQ=255) cATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGtt > 2:205790/1‑150 (MQ=255) aTTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGttt > 2:85639/1‑150 (MQ=255) tGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTg < 1:4096371/150‑1 (MQ=255) tGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTg > 2:2494187/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGt > 2:4120076/1‑150 (MQ=255) cTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCt > 2:2454688/1‑150 (MQ=255) ttGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTa > 2:4301191/1‑150 (MQ=255) aCTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTac > 1:3323925/1‑150 (MQ=255) aCTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTac > 1:841588/1‑150 (MQ=255) aCTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTac > 1:1819027/1‑150 (MQ=255) ctGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaac > 2:3382918/1‑150 (MQ=255) gCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaacaac < 1:4959139/150‑1 (MQ=255) cTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTacaacaaca > 1:1449492/1‑150 (MQ=255) tATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAacac > 1:1684492/1‑150 (MQ=255) tATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAacac < 2:29271/150‑1 (MQ=255) tATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAacac > 1:4804766/1‑150 (MQ=255) tctcAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGt < 2:1143709/150‑1 (MQ=255) gCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTc < 1:4327749/150‑1 (MQ=255) aaTGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGAGGGCAACTATGTTAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGAt < 2:5043058/150‑1 (MQ=255) aTGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATc > 2:1742676/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATc > 1:1595536/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCa < 2:961593/150‑1 (MQ=255) cagcaAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGt > 1:3835128/1‑150 (MQ=255) agcaAACTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTc > 2:5102980/1‑150 (MQ=255) aaCTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCttt > 1:3808940/1‑150 (MQ=255) cTATGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTaa < 1:2257790/150‑1 (MQ=255) aTGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGTCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACg < 1:595282/150‑1 (MQ=255) aTGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACg < 1:1281116/150‑1 (MQ=255) tGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACgg > 2:4272289/1‑150 (MQ=255) tGATACCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACgg < 2:4753988/150‑1 (MQ=255) aCCTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGAt < 2:459427/150‑1 (MQ=255) ccTGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATa > 1:2921869/1‑150 (MQ=255) tGGACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATAcc > 2:2788938/1‑150 (MQ=255) ggACTTATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCg < 2:1366314/150‑1 (MQ=255) ttATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTaa < 2:4726524/150‑1 (MQ=255) ttATATCTATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTaa < 2:1316914/150‑1 (MQ=255) | GATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAAC > CP009273/385668‑385958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |