| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 424,393 | G→T | 7.4% | A431S (GCG→TCG) | secD → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 424,393 | 0 | G | T | 7.4% | 1004.2 / 34.0 | 284 | A431S (GCG→TCG) | secD | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/145); new base T (7/14); total (125/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
ATGGTCGTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACC > CP009273/424244‑424542 | tGGTCGTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATcgc > 1:4733545/1‑150 (MQ=255) tGGTCGTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATcgc > 1:3586170/1‑150 (MQ=255) gTCGTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCgcgc < 1:3636982/150‑1 (MQ=255) tCGTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGcc < 2:88491/150‑1 (MQ=255) gTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGa < 2:1504599/150‑1 (MQ=255) gTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGa > 1:2441813/1‑150 (MQ=255) ttCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGa < 1:2459539/150‑1 (MQ=255) cTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGAtt > 2:166715/1‑150 (MQ=255) cTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGAtt > 2:1976096/1‑150 (MQ=255) gTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGAttgtt < 2:768321/150‑1 (MQ=255) gTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGAttgtt < 1:2251564/150‑1 (MQ=255) gAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAATGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTga > 2:1278560/1‑150 (MQ=255) aaCAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTgaag > 1:3441468/1‑150 (MQ=255) aGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAAc > 1:1027533/1‑150 (MQ=255) ggAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACg < 1:3820039/150‑1 (MQ=255) ggAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACg < 2:4937071/150‑1 (MQ=255) aaGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTa < 2:3374883/150‑1 (MQ=255) agagGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTAc < 2:1893621/150‑1 (MQ=255) agagGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTAc < 1:578942/150‑1 (MQ=255) agGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCa < 2:3278264/150‑1 (MQ=255) agGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCa > 1:3338234/1‑150 (MQ=255) ggTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCAt > 2:4326236/1‑150 (MQ=255) gTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCAtt > 2:4464188/1‑150 (MQ=255) 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ttAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGcc < 1:723613/150‑1 (MQ=255) aaCATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCTCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCa < 2:4793644/150‑1 (MQ=255) aaCATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCa < 2:5085716/150‑1 (MQ=255) cATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAAc > 1:2226170/1‑150 (MQ=255) aTCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAAcc > 1:2113786/1‑150 (MQ=255) 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gTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCTCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTg > 1:1131343/1‑150 (MQ=255) tGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAAc > 1:1412257/1‑150 (MQ=255) tGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAAc > 2:3305617/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAgggg > 2:3233932/1‑150 (MQ=255) aaCAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAgggg < 2:4753618/150‑1 (MQ=255) 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tGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGATCGTACCATTGGCCCACCCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGatca < 2:4380928/150‑1 (MQ=255) tGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGatca < 2:4152740/150‑1 (MQ=255) tCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGatcatc > 2:3897145/1‑150 (MQ=255) cACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCAtct < 2:3612576/150‑1 (MQ=255) cACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCAtct > 1:2937381/1‑150 (MQ=255) 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tgctgcGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCtata > 2:2384055/1‑150 (MQ=255) gctgcGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATaa > 1:4556581/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGtt > 2:3834752/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGCGTTGATCTCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGttt < 2:4275681/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCACCCCTGGGTATGCAGAACCTTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCAGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCGATAAGAAGttt > 2:3417578/1‑150 (MQ=255) 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aTCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCg < 1:1909267/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGAcc < 2:1394373/150‑1 (MQ=255) | ATGGTCGTGCGGTTCTGGTGAAACAGGAAGAGGTGATTAACATCGCCAACATCCAGTCTCGTCTGGGTAACAGCTTCCGTATCACCGGCATCAACAACCCGAACGAAGCCCGTCAGCTGTCACTGCTGCTGCGTGCCGGTGCGTTGATCGCGCCGATTCAGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACC > CP009273/424244‑424542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |