| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 524,496 | T→G | 100% | pseudogene (401/491 nt) | ybbD → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 524,496 | 0 | T | G | 97.0% | 726.9 / 3.7 | 197 | pseudogene (401/491 nt) | ybbD | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/2); new base G (104/86); total (109/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TTCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGAAA > CP009273/524349‑524642 | ttCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGgggt < 1:4556206/150‑1 (MQ=255)ttCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGgggt < 1:1155453/150‑1 (MQ=255)ttCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGgggt > 1:1874528/1‑150 (MQ=255) tCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTa < 2:1181810/150‑1 (MQ=255) cccTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTaa > 1:4088854/1‑150 (MQ=255) cccTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTaa > 2:255455/1‑150 (MQ=255) tAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAAcc < 2:3012668/150‑1 (MQ=255) aCAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑tt > 2:4738083/1‑150 (MQ=255) aCAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACA‑tt > 1:3200651/1‑150 (MQ=255) cAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑ttt < 2:406179/150‑1 (MQ=255) cAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑ttt > 1:52832/1‑150 (MQ=255) cAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑ttt < 2:468583/150‑1 (MQ=255) gatgatgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑tttttttt > 1:3048600/1‑150 (MQ=255) tgatgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTttgt > 2:3662964/1‑150 (MQ=255) atgGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTttgttg > 2:859632/1‑150 (MQ=255) ggggTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAGAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTg < 2:1156187/150‑1 (MQ=255) ggTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGaa < 2:3562723/150‑1 (MQ=255) ggTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGaa > 1:2400459/1‑150 (MQ=255) aGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAAtt < 2:3255598/150‑1 (MQ=255) aGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAAtt < 1:2916741/150‑1 (MQ=255) gTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTaa < 1:1377723/150‑1 (MQ=255) tttAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAAt < 1:3746598/150‑1 (MQ=255) tnAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATg > 1:1931417/1‑150 (MQ=255) aaGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGtt > 1:79223/1‑150 (MQ=255) aGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTa > 2:4015608/1‑150 (MQ=255) aGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTa > 2:1437677/1‑150 (MQ=255) aaaCATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGc < 2:200484/150‑1 (MQ=255) aaCATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCa > 2:253185/1‑150 (MQ=255) ttGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCattat > 1:1011627/1‑150 (MQ=255) gACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTAttt > 1:4246056/1‑150 (MQ=255) cAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTta > 2:2364869/1‑150 (MQ=255) gAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAAc < 2:3418390/150‑1 (MQ=255) cAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAatat > 1:1781019/1‑150 (MQ=255) cAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAatat > 1:4100459/1‑150 (MQ=255) aGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATAtt > 2:4571141/1‑150 (MQ=255) gAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGa > 2:4081732/1‑150 (MQ=255) gAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATAC‑AAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAg > 2:276885/1‑150 (MQ=255) aCAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGc > 2:1902997/1‑150 (MQ=255) aaGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTg < 1:256604/150‑1 (MQ=255) gTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGa > 1:659762/1‑150 (MQ=255) tGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGAt < 2:1516078/150‑1 (MQ=255) tGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGAt < 2:2133113/150‑1 (MQ=255) gCGAAAATCGTATCAAAGAATGATACAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTATTAGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATAATGTTATAACAAATATATGAGCTGGATTg > 1:1550054/1‑150 (MQ=255) aaaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCt > 1:2066539/1‑150 (MQ=255) aaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTg > 2:382833/1‑150 (MQ=255) aaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTg < 2:1954837/150‑1 (MQ=255) aaaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTg < 1:859632/150‑1 (MQ=255) aaTCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTg > 1:1344405/1‑150 (MQ=255) cGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGc < 2:1954986/150‑1 (MQ=255) gTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCt < 1:1429618/150‑1 (MQ=255) tATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCtt < 2:2850982/150‑1 (MQ=255) aTCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTtg < 1:158304/150‑1 (MQ=255) aGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTATATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCag < 2:4325868/150‑1 (MQ=255) aGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCag > 2:4688635/1‑150 (MQ=255) aGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCag > 1:107029/1‑150 (MQ=255) aaTGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCagag > 1:1085974/1‑150 (MQ=255) aaTGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCagag > 1:4041571/1‑150 (MQ=255) aTGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGt > 1:3903648/1‑150 (MQ=255) tGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAAATAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATTTTGGAGCGGGATTGGCTGATGCTTGTGCAGAGTa > 2:4877380/1‑150 (MQ=255) aTCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAAt > 1:887043/1‑150 (MQ=255) aTCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAAt > 1:3567311/1‑150 (MQ=255) tCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGAGGGGGTAACCC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAAtt < 2:1542219/150‑1 (MQ=255) ccAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTg < 2:4173092/150‑1 (MQ=255) aGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGca < 2:4434710/150‑2 (MQ=255) aGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCt > 2:455240/1‑150 (MQ=255) tACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGa < 1:961212/150‑1 (MQ=255) tACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGa > 1:1704050/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAAtt > 2:3719284/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGTGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTa > 1:1712076/1‑150 (MQ=255) caaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTCATTGCTTGAATTAag > 2:1413196/2‑150 (MQ=255) aaaaGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAag > 1:1242901/1‑150 (MQ=255) aGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGt > 2:1816476/1‑150 (MQ=255) tggtgTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTAt < 1:3793583/150‑1 (MQ=255) tggtgTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTAt < 1:3402347/150‑1 (MQ=255) gtgtAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATcc < 2:4623759/150‑1 (MQ=255) gtgtAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATcc > 2:3180396/1‑150 (MQ=255) gtAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCa < 1:5088174/150‑1 (MQ=255) gtAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCa < 1:3652328/150‑1 (MQ=255) aaaTATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCata > 2:4542150/1‑150 (MQ=255) aaaTATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCata > 1:4413584/1‑150 (MQ=255) aaaTATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCata > 1:2286280/1‑150 (MQ=255) aaTATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCatat > 2:4482926/1‑150 (MQ=255) aaTATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCatat < 2:447006/150‑1 (MQ=255) tatGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCataaaa > 2:114421/1‑147 (MQ=255) tatGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCg < 2:695358/150‑1 (MQ=255) tAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAgt > 1:173985/1‑150 (MQ=255) aaGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAgtcg < 2:3602865/150‑1 (MQ=255) tACCAGGGCAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCaa < 2:2908369/150‑1 (MQ=255) cAGGGCAATGGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACt > 2:1265412/1‑150 (MQ=255) aGGTCAA‑GGTGATGGGGTAAACA‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTc < 2:5067427/150‑1 (MQ=255) cAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAg < 2:5116790/150‑1 (MQ=255) cAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAg > 1:4443352/1‑150 (MQ=255) cAA‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAg < 2:322669/150‑1 (MQ=255) aa‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGt > 1:3221604/1‑150 (MQ=255) a‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTg < 1:2688810/150‑1 (MQ=255) a‑GGGGATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTg < 1:3664317/150‑1 (MQ=255) ggggATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGa > 2:2468730/1‑150 (MQ=255) gATGGGGTAAACCTTTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAgg < 1:5014231/150‑1 (MQ=255) gATGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGa > 2:1782895/1‑150 (MQ=255) tGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGaaa < 2:3204505/150‑1 (MQ=255) | TTCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAA‑GGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGAAA > CP009273/524349‑524642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |