Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 572,600 | G→A | 6.4% | intergenic (‑319/‑254) | nmpC ← / → essD | DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 572,600 | 0 | G | A | 6.4% | 640.5 / 21.0 | 188 | intergenic (‑319/‑254) | nmpC/essD | DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/72); new base A (10/2); total (114/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCG > CP009273/572452‑572749 | tGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGt > 2:3803637/1‑150 (MQ=255) ggCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTa < 2:4739553/150‑1 (MQ=255) aaaaataaaTCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGtt < 2:216591/150‑1 (MQ=255) aaatCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAAt > 2:4963421/1‑150 (MQ=255) atCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATAc > 2:3940058/1‑150 (MQ=255) tCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACt > 1:393782/1‑150 (MQ=255) tATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCg < 1:129729/150‑1 (MQ=255) tATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCg > 1:1979386/1‑150 (MQ=255) aGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAg < 1:3500857/150‑1 (MQ=255) aGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAg > 1:2363305/1‑150 (MQ=255) ccAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCa > 1:3741496/1‑150 (MQ=255) ccAATTTATATTAACGACTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCa > 1:3040147/1‑150 (MQ=255) aaTTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCAtt < 1:1684933/150‑1 (MQ=255) aTTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtc < 1:3878669/150‑1 (MQ=255) tttATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtct > 2:3877366/1‑150 (MQ=255) tttATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtct > 1:1076491/1‑150 (MQ=255) tataTTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATtctct < 2:3262600/150‑1 (MQ=255) tatTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCa > 1:3431571/1‑150 (MQ=255) tatTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCa > 2:2583581/1‑150 (MQ=255) tatTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATATGCTTATCTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCa > 2:5138281/1‑150 (MQ=255) atTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCaa > 1:667374/1‑150 (MQ=255) ttAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCaaa < 2:1520140/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAatat > 1:924963/1‑150 (MQ=255) aCGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAatat > 2:3187837/1‑150 (MQ=255) tGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCAttt > 1:3370079/1‑150 (MQ=255) tatttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCTTTCTCTCAAATATCATTTAGt > 1:4127561/1‑150 (MQ=255) tatttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGt < 1:699063/150‑1 (MQ=255) tatttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGt > 1:4688271/1‑150 (MQ=255) atttatAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTTGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTg > 2:4424139/1‑150 (MQ=255) ataAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGttt > 2:1377334/1‑150 (MQ=255) taAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTta < 2:1787020/150‑1 (MQ=255) aGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTtacg > 2:2431628/1‑150 (MQ=255) tGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTtacgta > 2:1510742/1‑150 (MQ=255) tGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTtacgta < 1:330375/150‑1 (MQ=255) tGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAAGTATTTTTTGGTTATTGGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCTATTATCATTTAGTGGTTtacgta > 2:2612348/1‑150 (MQ=255) gCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTtacgtac < 2:414509/150‑1 (MQ=255) gCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTtacgtac > 1:3903852/1‑150 (MQ=255) ctctATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCCAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTtacgtacg < 1:1292160/150‑1 (MQ=255) ataATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTaaa > 2:1557043/1‑150 (MQ=255) taATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTCGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTaaaa > 1:2542700/1‑150 (MQ=255) taATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTaaaa > 1:3269132/1‑150 (MQ=255) aTTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTaaaaaa > 2:2865741/1‑150 (MQ=255) ttGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTAGGTATCTTTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTAAGTAAGTAAAAAAtt > 2:5078812/1‑150 (MQ=255) aaGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATCTCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGt > 2:344419/1‑150 (MQ=255) ggTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTa < 1:3653650/150‑1 (MQ=255) tCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTCGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGc > 2:3562644/1‑150 (MQ=255) aaTTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTg < 2:458825/150‑1 (MQ=255) aaTTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTg > 2:1978279/1‑150 (MQ=255) tttAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTCCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGtt < 2:1429810/150‑1 (MQ=255) tAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTaa > 1:52970/1‑150 (MQ=255) tAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTaa > 2:5055545/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAaga > 1:1221659/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAaga > 1:2781498/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCTAAAAATAACACTGGAAAGTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAaga > 1:1338654/1‑150 (MQ=255) cGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTg > 2:1270869/1‑150 (MQ=255) cGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTg > 2:2931113/1‑150 (MQ=255) ggCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTgg < 1:1829958/150‑1 (MQ=255) aaaaaTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTAc < 1:3158507/150‑1 (MQ=255) aaaaTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACt < 2:4037080/150‑1 (MQ=255) aaaaTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTATAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACt > 1:4514852/1‑150 (MQ=255) aaTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTTGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTc < 2:1587762/150‑1 (MQ=255) aaTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTc > 2:3192785/1‑150 (MQ=255) aaTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTc < 1:3469597/150‑1 (MQ=255) aTAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCg < 1:4211284/150‑1 (MQ=255) aaCACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTc > 2:3007415/1‑150 (MQ=255) cacTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTcac < 2:3069743/150‑1 (MQ=255) acTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTcaca > 1:1547450/1‑150 (MQ=255) acTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGATGTTAAGAGTGGTTACTTCGTcaca > 2:3843052/1‑150 (MQ=255) cTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTcacac > 2:1140760/1‑150 (MQ=255) attattTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTa > 1:2725196/1‑150 (MQ=255) attTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAAc < 1:4973654/150‑1 (MQ=255) ttttttGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAAcc < 1:2474302/150‑1 (MQ=255) ttGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACccgcc < 1:142844/150‑1 (MQ=255) tGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACccgccg > 2:2502119/1‑150 (MQ=255) ggTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGt > 2:4013169/1‑150 (MQ=255) gTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACccgccggc > 1:3056317/1‑148 (MQ=255) tATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAATTATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGa > 2:630194/1‑150 (MQ=255) tATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGa > 2:930084/1‑150 (MQ=255) tATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGa > 2:2378580/1‑150 (MQ=255) aTTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAg > 1:2919790/1‑150 (MQ=255) tttGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGc > 2:4944891/1‑150 (MQ=255) tgttgAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCgg > 2:1450657/1‑150 (MQ=255) tgttgAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCgg < 2:4179024/150‑1 (MQ=255) ttgAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGt > 1:2182568/1‑150 (MQ=255) tgAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGtt > 1:2273542/1‑150 (MQ=255) agaTTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTGTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGtttt < 2:1661952/150‑1 (MQ=255) gaTTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGttttt < 2:4554763/150‑1 (MQ=255) aTTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTc > 1:2436648/1‑150 (MQ=255) tttGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTcc < 1:1166383/150‑1 (MQ=255) tttGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTcc < 1:3860406/150‑1 (MQ=255) cTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCAttt < 1:3476388/150‑1 (MQ=255) ttATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCAtttt > 2:2227206/1‑150 (MQ=255) tGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTg < 2:1221730/150‑1 (MQ=255) tttGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGtc > 2:2097212/1‑150 (MQ=255) ttGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGtct < 2:4316742/150‑1 (MQ=255) ttGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGtct < 2:1736890/150‑1 (MQ=255) tGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGtctc < 1:726883/150‑1 (MQ=255) gTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCg < 2:1867113/150‑1 (MQ=255) gTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCg < 2:1958446/150‑1 (MQ=255) gTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCg > 2:2067748/1‑150 (MQ=255) | TGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCG > CP009273/572452‑572749 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |