Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 580,366 | G→T | 100% | R242S (CGC→AGC) | ompT ← | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 580,366 | 0 | G | T | 96.6% | 700.9 / 8.9 | 227 | R242S (CGC→AGC) | ompT | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/5); new base T (133/85); total (137/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTGTTTG > CP009273/580219‑580514 | tattatTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTAt > 2:153718/1‑150 (MQ=255) attattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCtata > 2:3693965/1‑150 (MQ=255) attGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGt > 1:2770651/1‑150 (MQ=255) 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gAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCggg < 2:3346958/150‑1 (MQ=255) gAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCggg < 2:1345927/150‑1 (MQ=255) gAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCggg > 2:77608/1‑150 (MQ=255) aaGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGt < 2:3683587/150‑1 (MQ=255) aaGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGt < 2:1454055/150‑1 (MQ=255) 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ttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTCTAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCg > 1:1939992/1‑150 (MQ=255) ttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGtt < 1:4409909/145‑1 (MQ=255) tATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGt > 2:1778568/1‑150 (MQ=255) tATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGt > 1:952678/1‑150 (MQ=255) ttCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTa > 2:3253734/1‑150 (MQ=255) cGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATc > 1:2409273/1‑150 (MQ=255) cGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCAGAGTGTTCATCGTTATc < 1:1043486/150‑1 (MQ=255) gTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCa > 2:5145638/1‑150 (MQ=255) aCCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAgat > 2:2510246/1‑150 (MQ=255) cccGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTAGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATAGACTGCAACAGAATAGAAATTTTGGTCTTTGACATTACTGCTATAAGAGATTCTTTTTACCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAgatg > 2:1092795/1‑150 (MQ=255) 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tAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTa < 2:1896928/150‑1 (MQ=255) aaCTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTaaa > 2:4323172/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAAtg > 2:4346203/1‑150 (MQ=255) tGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGcc > 2:2835770/1‑150 (MQ=255) cGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCAc > 1:1549787/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |