| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 625,174 | G→T | 100% | intergenic (+5/‑176) | entH → / → cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 625,174 | 0 | G | T | 98.6% | 665.8 / 0.3 | 214 | intergenic (+5/‑176) | entH/cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base T (103/108); total (106/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACAT > CP009273/625027‑625320 | gCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTAc > 1:926263/1‑150 (MQ=255)gCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTAc > 2:3453837/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAg < 1:1581239/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAg > 1:3010744/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAg < 2:4002920/150‑1 (MQ=255) cGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGAAGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGa > 1:1141533/1‑150 (MQ=255) tgtCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAAtt < 1:409708/150‑1 (MQ=255) gtCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTa < 1:1018996/150‑1 (MQ=255) 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cAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAAc < 2:2124499/150‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACg > 1:3272849/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACgg < 1:3034162/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGa > 1:2357997/1‑150 (MQ=255) cTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTg < 1:909933/150‑1 (MQ=255) tGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGa > 2:3286093/1‑150 (MQ=255) tGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGa > 2:3123794/1‑150 (MQ=255) cATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATc < 1:3969592/150‑1 (MQ=255) cATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATc < 2:3400938/150‑1 (MQ=255) cATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATc < 1:2519662/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |