Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 56,677 | G→T | 100% | R145S (CGC→AGC) | lptD ← | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 56,677 | 0 | G | T | 100.0% | 929.8 / NA | 282 | R145S (CGC→AGC) | lptD | LPS assembly OM complex LptDE, beta‑barrel component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (142/140); total (142/140) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTCTTCGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGT > CP009273/56531‑56822 | ttcttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTAcc < 1:1559456/150‑1 (MQ=255) cttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACcca > 1:403456/1‑150 (MQ=255) ttcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTGCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACccac > 1:2673429/1‑150 (MQ=255) tcGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACccacc > 2:4322731/1‑150 (MQ=255) cgGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATc > 1:2887306/1‑150 (MQ=255) cgGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATc > 2:3053755/1‑150 (MQ=255) gTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTg < 2:3603211/150‑1 (MQ=255) gTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTg > 1:3644889/1‑150 (MQ=255) tCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTgg < 2:2879815/150‑1 (MQ=255) ataatTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCa > 2:1902153/1‑150 (MQ=255) tttCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCtt < 1:3112830/150‑1 (MQ=255) tttCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCtt < 1:2044956/150‑1 (MQ=255) gCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCa < 2:1551685/150‑1 (MQ=255) gCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCa > 2:692872/1‑150 (MQ=255) tacctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGa > 2:3269105/1‑150 (MQ=255) tacctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGa > 2:2600549/1‑150 (MQ=255) acctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGAc > 1:180683/1‑150 (MQ=255) ctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGt > 1:2968804/1‑150 (MQ=255) ctaccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGt > 1:119918/1‑150 (MQ=255) taccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGtt < 1:440954/150‑1 (MQ=255) accACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGACTGGTAGAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTg < 2:3383535/150‑1 (MQ=255) ccACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTgg > 2:2426056/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCttt < 1:2199411/150‑1 (MQ=255) cAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTg > 1:4616697/1‑150 (MQ=255) aGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTgg < 2:533974/150‑1 (MQ=255) aGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTgg < 2:3883591/150‑1 (MQ=255) tgtgtCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgt > 1:2614351/2‑150 (MQ=255) ggTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgt < 1:1952089/150‑1 (MQ=255) gtgtCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGgtg < 1:3491421/150‑1 (MQ=255) tCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTc < 1:1003794/150‑1 (MQ=255) cAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCGACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCa < 2:81920/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGAtt > 1:2221767/1‑150 (MQ=255) cccGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTc < 2:4630345/150‑1 (MQ=255) cAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCa < 1:2957863/150‑1 (MQ=255) aggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCtt > 2:2535687/1‑150 (MQ=255) aggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCtt > 2:3685819/1‑150 (MQ=255) ggaggTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCttt > 1:3360443/1‑150 (MQ=255) gTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGc < 1:3142897/150‑1 (MQ=255) gTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGc > 2:4418286/1‑150 (MQ=255) tAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGcc > 2:4661948/1‑150 (MQ=255) aaGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGccat < 1:562533/150‑3 (MQ=255) aaGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCt < 2:1151035/150‑1 (MQ=255) aaGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCt < 2:351403/150‑1 (MQ=255) aGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCtt < 1:3815456/150‑1 (MQ=255) gCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCttt < 1:353670/150‑1 (MQ=255) tACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGa < 1:3178413/150‑1 (MQ=255) tACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGa > 1:2988548/1‑150 (MQ=255) aCCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAg > 1:1369799/1‑150 (MQ=255) gatATCCATATTGTTTTAGCGGTTTTCGAGTCGTTGTTTCATAAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCTCCATCTGGTAATCACCTTCCCTGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGAt < 2:2644913/148‑1 (MQ=255) gTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGAt < 2:1674250/150‑1 (MQ=255) ttATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATc < 1:4533318/150‑1 (MQ=255) tATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCa < 1:3892388/150‑1 (MQ=255) tATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCa < 1:1489011/150‑1 (MQ=255) aTCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCAc < 1:667224/150‑1 (MQ=255) ccAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGAGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCAACt > 2:117/1‑150 (MQ=255) cAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTg > 1:428167/1‑150 (MQ=255) cAGAAGGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTg < 2:3205424/150‑1 (MQ=255) gAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGt > 1:1100531/1‑150 (MQ=255) gAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGt > 1:2829740/1‑150 (MQ=255) aaTGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGtt > 1:4749277/1‑150 (MQ=255) aaTGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGtt > 1:4819937/1‑150 (MQ=255) aTGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTa > 2:1452436/1‑150 (MQ=255) ggTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTAtc < 2:687083/150‑1 (MQ=255) gTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTAtcg < 1:4379022/150‑1 (MQ=255) tataGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTAtcgt > 2:4429946/1‑150 (MQ=255) ataGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTAtcgtc < 2:148558/150‑1 (MQ=255) ataGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTAtcgtc < 2:2445378/150‑1 (MQ=255) ataGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGACTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTAtcgtc < 2:1737416/150‑1 (MQ=255) gTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATg > 2:1267435/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATg > 1:4186270/1‑150 (MQ=255) ttCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGAc > 1:165862/1‑150 (MQ=255) ttCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGAc > 1:4937356/1‑150 (MQ=255) tCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACa > 1:2277534/1‑150 (MQ=255) cGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACAt > 1:3451291/1‑150 (MQ=255) gCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACAtt < 2:1044269/150‑1 (MQ=255) cACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACAttcc > 1:18864/1‑148 (MQ=255) cACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGGTATCGTCGTAATGGACATTAc > 1:2567724/1‑150 (MQ=255) aCGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTAcc < 2:1952866/150‑1 (MQ=255) aCGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTAcc < 2:4527786/150‑1 (MQ=255) aCGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTAcc < 2:2811555/150‑1 (MQ=255) gttgttTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGTACATTACCGa > 2:2959452/1‑150 (MQ=255) gttgttTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGa > 2:5013066/1‑150 (MQ=255) ttgttTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAg > 2:4693940/1‑150 (MQ=255) tcatcaGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCAt > 2:2916042/1‑150 (MQ=255) caGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGAGTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAAc < 2:4135685/150‑1 (MQ=255) aGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACg > 2:2267057/1‑150 (MQ=255) tACCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCg > 1:731275/1‑150 (MQ=255) aCCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCgg < 1:3019044/150‑1 (MQ=255) aCCGCGACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCgg < 1:431988/150‑1 (MQ=255) gcgACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTc < 1:5049021/150‑1 (MQ=255) cgACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTcc < 1:3053755/150‑1 (MQ=255) gACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCg < 1:81748/150‑1 (MQ=255) gACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCg < 2:3124808/150‑1 (MQ=255) gACCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCg > 1:1731269/1‑150 (MQ=255) aCCCTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCgg < 2:2216703/150‑1 (MQ=255) cccggCTACCCACCATCTGGTAATCACCTGCCCAGACGTTGGTAGCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTCTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGtt < 2:4833298/147‑1 (MQ=255) cTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTg < 1:1907241/150‑1 (MQ=255) cTGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTg > 1:871344/1‑150 (MQ=255) tGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGt > 2:2349545/1‑150 (MQ=255) tGGCTACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGt > 1:885302/1‑150 (MQ=255) | TTCTTCGCGGTCATGAATAATTTCGCTACCTACCACGCTCCAGGTGTCAGAACCCGGCAGACAGGAGGTAAAGCTACCGTTATCCAGAATGGTATAGCGGTTTTCGCCACGTTGTTTCATCAGGTCCGCTTTACCGCGACCCTGGCGACCCACCATCTGGTAATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTGAGGATCACCTGGTTATCGTCGTAATGGACATTACCGAGCGCATCAACGGTACGTACCGGCTCCGGTTGT > CP009273/56531‑56822 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |