| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 693,739 | G→T | 100% | H299N (CAC→AAC) | asnB ← | asparagine synthetase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 693,739 | 0 | G | T | 98.6% | 756.4 / 0.3 | 235 | H299N (CAC→AAC) | asnB | asparagine synthetase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (136/95); total (138/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CGGACAGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTGAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCACGCGACGGGCTG > CP009273/693592‑693882 | cGGACAGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAgtgaagttaa < 1:4196956/150‑1 (MQ=255)cGGACAGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAgtgaagttaa > 1:3940292/1‑150 (MQ=255) gACAGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAAtt < 1:181562/150‑1 (MQ=255) aGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCg > 1:1061126/1‑150 (MQ=255) aGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCg > 2:3331569/1‑150 (MQ=255) aGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCg > 2:2323346/1‑150 (MQ=255) aGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCg > 1:3248389/1‑150 (MQ=255) gCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGt > 2:4507963/1‑150 (MQ=255) gCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGt > 1:2363635/1‑150 (MQ=255) cACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTg > 1:2833676/1‑150 (MQ=255) cACCATTTGAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTg < 2:1533967/150‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCg > 1:1043755/1‑150 (MQ=255) tAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCg < 2:2540846/150‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCg < 2:1189875/150‑1 (MQ=255) aaTGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGt < 2:3904288/150‑1 (MQ=255) aaTGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGt > 1:4839784/1‑150 (MQ=255) tGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGc > 1:5058206/1‑150 (MQ=255) gCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGcc < 2:2826326/150‑1 (MQ=255) 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cTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGtt > 2:3094220/1‑150 (MQ=255) cTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGtt > 1:1555060/1‑150 (MQ=255) tGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTg > 1:1038467/1‑150 (MQ=255) gATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGc > 2:4075332/1‑150 (MQ=255) aTCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGcc > 2:3624888/1‑150 (MQ=255) 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gACCTTCCTGTACAGTGAAGTTAAGTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCtt < 2:3945349/150‑1 (MQ=255) cTGTACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCAcgcg < 2:846024/150‑1 (MQ=255) tACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCACGCGACg < 1:1454033/150‑1 (MQ=255) tACAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGACACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCAAAGCGACg > 1:1424041/1‑150 (MQ=255) aCAGTGAAGTTAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCACGCGACgg < 2:1048664/150‑1 (MQ=255) 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tgaagttaaTTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCACGCGACGGGCTg < 1:2744116/150‑1 (MQ=255) tgaagttaaTTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCACGCGACGGGCTg < 1:1231745/150‑1 (MQ=255) | CGGACAGCACCATTTTAATGCCCATCGCCTTGATCTTACGCGACATTAAATACATCGGTGTTGAAGCGCGAATAGTGGTCACATCATAAGTTTCGATGTGGTAAATCACGTCGCGGATGGCATCCAGACCTTCCTGTACAGTGAAGTGAATTTCGTGATGCACCGTGCCCAGATGGTTTGCCACTTCCTGGGCTGCTTTCAGATCCGGTGAACCCGGCAGACCTACAGCAAAGGAGTGTAACTGCGGCCACCAGGCTTCAGAGCGTTCCTGATCTTCCACGCGACGGGCTG > CP009273/693592‑693882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |