Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 730,891 | G→T | 100% | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO → | pseudogene, Rhs family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 730,891 | 0 | G | T | 99.5% | 719.8 / ‑4.6 | 216 | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (121/93); total (123/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACA > CP009273/730744‑731037 | aaaCAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGgattat > 1:3552096/1‑150 (MQ=255) cAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTcc > 1:2232987/1‑150 (MQ=255) acttAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTGTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCCGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTccc > 2:4720361/3‑150 (MQ=255) aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTccc < 2:3988984/150‑1 (MQ=255) aTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCa < 2:3364078/150‑1 (MQ=255) aTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCa < 1:2856704/150‑1 (MQ=255) tAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGt > 1:1307877/1‑150 (MQ=255) tAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGt < 1:4186927/150‑1 (MQ=255) aGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTAt > 1:550329/1‑150 (MQ=255) aGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTAt < 2:2250147/150‑1 (MQ=255) aCTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATcc > 1:1961860/1‑150 (MQ=255) cTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCa < 1:3660528/150‑1 (MQ=255) tGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAg < 1:5154878/150‑1 (MQ=255) tGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAg < 1:2398299/150‑1 (MQ=255) tGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAg > 2:2160183/1‑150 (MQ=255) cATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGgga < 2:2780771/150‑1 (MQ=255) atatCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggat < 2:326624/150‑1 (MQ=255) tATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATAc < 1:564677/150‑1 (MQ=255) ttGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACaa > 2:2418092/1‑150 (MQ=255) gACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAg < 1:2453028/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGAc > 1:3277077/1‑150 (MQ=255) cAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACa < 2:5123288/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGc < 2:28097/150‑1 (MQ=255) ccAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCaa > 2:492423/1‑150 (MQ=255) cAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAg > 1:1798237/1‑150 (MQ=255) tgtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGAt > 2:693053/2‑150 (MQ=255) agtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGAt > 1:461348/1‑150 (MQ=255) agtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGAt > 1:3982052/1‑150 (MQ=255) gtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGAtt < 1:1817385/150‑1 (MQ=255) gtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGAtt < 2:3019464/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTa > 2:1023018/1‑150 (MQ=255) tGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTa > 1:3681360/1‑150 (MQ=255) gcCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCt > 1:3573513/1‑150 (MQ=255) 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cATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGc > 1:4191378/1‑150 (MQ=255) ttcttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCca < 2:476892/150‑1 (MQ=255) ttcttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCca < 1:1622051/150‑1 (MQ=255) ttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaaca > 2:5018211/1‑150 (MQ=255) tcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaacaa > 2:4620054/1‑150 (MQ=255) cAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCaacaac < 2:2903899/150‑1 (MQ=255) agCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCa < 1:1203641/150‑1 (MQ=255) aTTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAAtt > 2:2757965/1‑150 (MQ=255) aTTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGACACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAAtt < 1:4649694/150‑1 (MQ=255) ttAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTa < 1:3738926/150‑1 (MQ=255) ttAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTa > 2:1196947/1‑150 (MQ=255) aaGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTacc > 1:3227607/1‑150 (MQ=255) cacTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTaccacc < 1:1218377/148‑1 (MQ=255) ttACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAgg > 2:4862440/1‑150 (MQ=255) tACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGa > 1:1191472/1‑150 (MQ=255) 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cTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCa < 1:4339818/150‑1 (MQ=255) cTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTAGTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCa < 2:350029/150‑1 (MQ=255) tATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGaa < 1:5040136/150‑1 (MQ=255) aGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat < 1:795058/150‑1 (MQ=255) aGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat < 1:1480664/150‑1 (MQ=255) aGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat > 1:2412695/1‑150 (MQ=255) aGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtat > 1:311127/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtattt > 2:879048/1‑150 (MQ=255) gTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtatttatt < 1:2122554/150‑1 (MQ=255) gTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCtatttatt < 2:4345866/150‑1 (MQ=255) 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ggATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAAc > 2:1804208/1‑150 (MQ=255) ggATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAAc > 1:784295/1‑150 (MQ=255) | AAACAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAACA > CP009273/730744‑731037 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |