| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 743,797 | G→T | 100% | R214R (CGC→CGA) | ybgO ← | putative fimbrial protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 743,797 | 0 | G | T | 97.8% | 719.0 / 4.6 | 225 | R214R (CGC→CGA) | ybgO | putative fimbrial protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base T (98/120); total (101/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GGTGCATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACGCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAATTGCACGACGATATAGTCGCTAAGCGTACTTTGATAATCATGCGGCGGCATTTCTCGTATTTTGAC > CP009273/743650‑743943 | cATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATg > 2:1682156/1‑150 (MQ=255) cATTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATg < 1:1789018/150‑1 (MQ=255) aTTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGt > 2:726451/1‑150 (MQ=255) aTTGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGt < 2:885357/150‑1 (MQ=255) ttGATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGtt > 1:112481/1‑150 (MQ=255) gATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGtttt < 1:1457109/150‑1 (MQ=255) gATCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGtttt < 2:2334185/150‑1 (MQ=255) aTCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTc < 2:2013992/150‑1 (MQ=255) aTCGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTc > 2:1256225/1‑150 (MQ=255) cGTTTTGGCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCa > 2:1737500/1‑150 (MQ=255) ggCTCTTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAg < 2:738522/150‑1 (MQ=255) ctTGGTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAat < 1:2150255/150‑1 (MQ=255) ggTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATg < 1:1664889/150‑1 (MQ=255) gTCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTTTGTGGCGACGTATATCCACCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCAACTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAAATTACTATGCAATCCAGCACACGAATCTTTTCCAGACCAGTAATATGa > 1:4109774/1‑150 (MQ=255) tCGTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGat < 2:3004921/150‑1 (MQ=255) gTTTTAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGatat > 1:3363129/1‑150 (MQ=255) tAATACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCa > 2:631571/1‑150 (MQ=255) aaTACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAg > 2:1494425/1‑150 (MQ=255) aaTACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAg > 1:2658485/1‑150 (MQ=255) aaTACTGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTGTCCAGACCAGTAATATGATAGTTCAg > 2:4734609/1‑150 (MQ=255) tACTGAACCTTAACTACAATGACTGGCGACGTATATCCAGCAAATAAAATTTACACAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGCAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACACGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATAGTTCAGGt > 2:470773/1‑150 (MQ=255) tGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGtttt < 2:904317/150‑1 (MQ=255) tGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGtttt > 2:3320796/1‑150 (MQ=255) tGAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGtttt > 1:831624/1‑150 (MQ=255) gAACGTTTTCGACATTGTGTTGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCAGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTg < 1:3219951/150‑1 (MQ=255) gAACGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTg < 1:2594807/150‑1 (MQ=255) cGTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGc < 1:390107/150‑1 (MQ=255) gTTTTCGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCa > 1:2314526/1‑150 (MQ=255) cGACATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAgg > 2:3653502/1‑150 (MQ=255) taCATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAggg > 1:1912338/2‑150 (MQ=255) aCATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGt < 2:442209/150‑1 (MQ=255) aCATTGTGTGGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGt > 2:2587677/1‑150 (MQ=255) gtgGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGtt < 1:220197/150‑1 (MQ=255) tgGCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTa < 1:4142473/150‑1 (MQ=255) ggCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTaa < 1:2574568/150‑1 (MQ=255) gCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAAc < 2:2181808/150‑1 (MQ=255) gCGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAAc < 2:4889527/150‑1 (MQ=255) cGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAATTCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGAAGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACg < 1:2128551/150‑1 (MQ=255) cGACGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACg < 1:4339518/150‑1 (MQ=255) aCGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCt < 2:2078113/150‑1 (MQ=255) aCGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCt < 1:2777976/150‑1 (MQ=255) cGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTa > 2:3987735/1‑150 (MQ=255) cGTATATCCAGCAAATTAAATTTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTa > 2:4322075/1‑150 (MQ=255) 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taaattTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAAtt < 2:3243570/150‑1 (MQ=255) taaattTACCAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAAtt < 1:2048236/150‑1 (MQ=255) ccAAAATCAATCACCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAATTGCacgacg < 2:2854248/150‑1 (MQ=255) atcaatcaCCTGTGTTTCAGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAATTGCACGACGAtata > 2:1222648/1‑150 (MQ=255) aatcaCCTGTGTTTCCGGTGAAATGGAAAAATTGACGCTGCAATCCAGCACTCGAATGTTTTCCAGACCAGTAATATGATATTTCAGGTTTTGGGCAGTAGGGTCTTCGTTAACGCTACCGGCACCGTCAAATTGCACGACGATATAGTc < 2:2674960/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |