| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 806,629 | A→T | 5.7% | S265C (AGC→TGC) | bioF → | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 806,629 | 0 | A | T | 5.7% | 986.1 / 36.0 | 314 | S265C (AGC→TGC) | bioF | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/158); new base T (12/6); total (149/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GGGGCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCACCAGTATGCCGCCCGCTCAGGCGCAGGCATTACGTGCGTCGCTGGCGGTCATTCGCAGTGATGAGGGTGATGCACGGCGCGAAAAACTGGCGGCACTCATTACGCGTTTTCGTGCCGGAGTACAGGATTTGCCGTTTACGCTTGCT > CP009273/806481‑806778 | gggCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTCTCTACAGc > 2:457122/1‑150 (MQ=255) gggCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGc > 2:4676183/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGCAGCTGCTGGCTGCAAAAGGTAAAACCAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCa < 1:1310357/150‑1 (MQ=255) 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cAGAATTGCTGGTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCACCAGTATGCCGCCCGCTCAGGCGCAGGCATTAc > 2:2081626/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCACCAGTATGCCGCCCGCTCAGGCGCAGGCATTACGTGCGTCg < 1:4737800/150‑1 (MQ=255) gTAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCACCAGTATGCCGCCCGCTCAGGCGCAGGCATTACGTGCGTCGCTg < 2:2468737/150‑1 (MQ=255) tAGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCACCAGTATGCCGCCCGCTCAGGCGCAGGCATTACGTGCGTCGCTgg < 1:5102329/150‑1 (MQ=255) aGTGACTTTTGGCAAAGGATTTGGCGTCAGCGGGGCAGCGGTGCTTTGCTCCAGTACGGTGGCGGATTATCTGCTGCAATTCGCCCGCCACCTTATCTACAGCACCAGTATGCCGCCCGCTCAGGCGCAGGCATTACGTGCGTCGCTGGc < 1:2694128/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |