Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 837,716 | G→T | 100% | intergenic (‑204/‑72) | mcbA ← / → rlmF | colanic acid mucoidy stimulation protein/23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 837,716 | 0 | G | T | 96.8% | 885.2 / 12.5 | 280 | intergenic (‑204/‑72) | mcbA/rlmF | colanic acid mucoidy stimulation protein/23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/2); new base T (158/113); total (165/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GATGCAAATGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATGATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCGCTGCTTAAAGGAGAATGCTATGTCCGCCCAGAAACCGGGGTTGCATCCGCGCAACCGTCATCACAGCCGCTACGATCTCGCCACGCTTTGTCAGG > CP009273/837569‑837863 | gATGCAAATGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTAt < 1:4088289/150‑1 (MQ=255) tGCAAATGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATaa > 2:3803293/1‑150 (MQ=255) tGCAAATGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATaa > 1:243965/1‑150 (MQ=255) 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cGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCa < 1:1684878/150‑1 (MQ=255) cGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGGTAAGGTTTTGGGGAAGTATAACCGCAGCCa > 1:4663913/1‑150 (MQ=255) aaaaaaTTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGat > 2:358164/1‑150 (MQ=255) aaaaTTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGTATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGatat > 2:3112557/1‑150 (MQ=255) aaaTTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATAtt > 2:3339380/1‑150 (MQ=255) 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gaTGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTcgc < 1:476159/150‑1 (MQ=255) tgtgCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGc > 1:3814177/1‑126 (MQ=255) ttATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGc > 1:3149810/1‑150 (MQ=255) aTTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATATGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCgg < 2:1448487/150‑1 (MQ=255) aTTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGGTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCgg > 2:4113168/1‑150 (MQ=255) 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tatatTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTAcgccg < 1:1057965/150‑1 (MQ=255) atatTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTAcgccgc > 1:3775695/1‑150 (MQ=255) tatTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCgct < 1:4701987/150‑1 (MQ=255) ttttACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCgctgct < 1:48868/150‑1 (MQ=255) ttttACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCAGAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCgctgct < 1:1747619/150‑1 (MQ=255) 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aaaTCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCGCTGCTTAAAGGAGAATGCTAt > 2:1216226/1‑150 (MQ=255) aaTCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCGCTGCTTAAAGGAGAATGCTATg > 2:2777828/1‑150 (MQ=255) aTCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCGCTGCTTAAAGGAGAATGCTATGt < 2:2137143/150‑1 (MQ=255) cgaTGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTCTCTTTCGCCGCTGCTGCAAGGAGAATGCTAGGTcc > 2:3439117/3‑150 (MQ=255) aaTGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCGCTGCTTAAAGGAGAATGCTATGTCCg > 1:3482787/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |