Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 846,423 | C→A | 6.6% | intergenic (+2/+47) | ompX → / ← ybiP | outer membrane protein X/putative EptAB family phosphoethanolamine transferase, inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 846,423 | 0 | C | A | 6.6% | 956.5 / 25.9 | 270 | intergenic (+2/+47) | ompX/ybiP | outer membrane protein X/putative EptAB family phosphoethanolamine transferase, inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/139); new base A (8/10); total (121/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GACACCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATAT > CP009273/846275‑846571 | gACACCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCa < 2:5097858/150‑1 (MQ=255) acCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACtt < 2:3605349/150‑1 (MQ=255) acCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACtg > 1:4748617/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |