Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 892,358 | G→T | 100% | V257L (GTG→TTG) | potH → | putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 892,358 | 0 | G | T | 97.6% | 935.1 / 10.4 | 293 | V257L (GTG→TTG) | potH | putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/3); new base T (141/145); total (145/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ATTCGTATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTT > CP009273/892211‑892503 | tATTGATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATccc < 1:1387659/150‑1 (MQ=255) gATTATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGaa < 2:1273513/150‑1 (MQ=255) tattCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTg > 2:3213806/1‑150 (MQ=255) attCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGc > 2:1992171/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTc > 2:411627/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTc < 1:2444946/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCgg > 2:4886703/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCgg > 2:1822140/1‑150 (MQ=255) tggtggAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTg > 2:205516/1‑150 (MQ=255) ggtggAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTgg > 1:571798/1‑150 (MQ=255) gtggAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGc > 2:4392097/1‑150 (MQ=255) ggAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGccc > 2:3896378/1‑150 (MQ=255) aaGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCgg < 1:2271241/150‑1 (MQ=255) agcagcGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGa > 1:690434/1‑150 (MQ=255) agcagcGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGa < 2:4611355/150‑1 (MQ=255) cagcGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACa > 2:3877484/1‑150 (MQ=255) cagcGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACa < 2:4645322/150‑1 (MQ=255) cagcGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACa > 2:2910906/1‑150 (MQ=255) cTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGcatc > 1:1857899/1‑150 (MQ=255) gATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATg > 2:509968/1‑150 (MQ=255) gATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATg < 1:3984015/150‑1 (MQ=255) ctcGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATc < 1:4820672/150‑1 (MQ=255) tcGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCg > 2:1923819/1‑150 (MQ=255) tcGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCg < 1:3786518/150‑1 (MQ=255) gTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGgc > 2:473570/1‑150 (MQ=255) gTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGgc > 1:2300296/1‑150 (MQ=255) tGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGgcg > 1:812844/1‑150 (MQ=255) cACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGcgcg > 2:334450/1‑150 (MQ=255) 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gATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGtt > 1:2643437/1‑150 (MQ=255) ggTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTtgctgct < 2:1588865/150‑1 (MQ=255) gtTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCACGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTgctgctgct > 2:479357/1‑150 (MQ=255) tATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAAt > 1:1063334/1‑150 (MQ=255) ccGGCTGTGGGCGAGTTTTTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATtgtg < 2:1543320/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |