| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,140,834 | A→T | 81.9% | T147S (ACC→TCC) | rluC → | 23S rRNA pseudouridine(955,2504,2580) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,140,834 | 0 | A | T | 81.9% | 732.6 / 139.2 | 295 | T147S (ACC→TCC) | rluC | 23S rRNA pseudouridine(955,2504,2580) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/25); new base T (120/121); total (148/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
AAGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTTAC > CP009273/1140688‑1140981 | aaGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCt < 2:2475187/150‑1 (MQ=255)aaGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCt < 2:3951695/150‑1 (MQ=255) aGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGActcctc > 2:1617008/1‑150 (MQ=255) aGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTc > 1:1516345/1‑150 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAg < 1:2884428/150‑1 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAg < 1:2476095/150‑1 (MQ=255) atgatCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAg < 1:4546599/150‑1 (MQ=255) atCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGgtg < 1:3850055/150‑1 (MQ=255) caTCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGtttt < 2:12259/150‑1 (MQ=255) caTCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGtttt > 1:4223269/1‑150 (MQ=255) aTCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTg > 2:5077457/1‑150 (MQ=255) aTCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTg < 2:3207003/150‑1 (MQ=255) aTCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTg > 2:4741936/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCt > 1:2366346/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCt < 1:2256292/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGt < 2:3717053/150‑1 (MQ=255) gTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTa > 1:5025532/1‑150 (MQ=255) tGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGa < 2:1754289/150‑1 (MQ=255) 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ggTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGaa < 2:5069922/150‑1 (MQ=255) gTTCATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAag > 1:1317962/1‑150 (MQ=255) cATCGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGc < 1:899274/150‑1 (MQ=255) cGTCTTGACCGGGACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGtt > 2:2771472/1‑150 (MQ=255) cTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCaa < 1:4984656/150‑1 (MQ=255) 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gACTCCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTTa > 2:1632075/1‑150 (MQ=255) acacCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTTAc > 2:2050538/1‑150 (MQ=255) | AAGATGATCACATCCTGGTGCTGAATAAACCTTCCGGTACGGCGGTACATGGCGGCAGTGGTTTAAGCTTCGGCGTTATTGAAGGTTTGCGGGCGTTGCGCCCGGAAGCGCGGTTCCTTGAACTGGTTCATCGTCTTGACCGGGACACCTCAGGTGTTTTGCTGGTAGCGAAAAAACGCTCGGCGTTGCGTTCTCTGCATGAGCAATTACGTGAAAAAGGGATGCAAAAAGATTACCTGGCGCTGGTGCGCGGTCAGTGGCAGTCGCATGTGAAGAGCGTTCAAGCACCGTTAC > CP009273/1140688‑1140981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |