Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,318,829 | G→T | 77.1% | E159* (GAA→TAA) | yciO → | putative RNA binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,318,829 | 0 | G | T | 77.1% | 416.6 / 180.5 | 262 | E159* (GAA→TAA) | yciO | putative RNA binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/21); new base T (103/99); total (142/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CGTCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAATTAAAGATCGTCTGGAAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAA > CP009273/1318682‑1318975 | cGTCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaataa > 1:4259886/1‑150 (MQ=255) gTCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGaaa < 1:4030787/150‑1 (MQ=255) tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAAt < 1:1708371/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |