Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,330,955 | G→T | 100% | D290Y (GAT→TAT) | acnA → | aconitate hydratase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,330,955 | 0 | G | T | 96.8% | 870.4 / 14.5 | 280 | D290Y (GAT→TAT) | acnA | aconitate hydratase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/4); new base T (143/128); total (148/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAG > CP009273/1330807‑1331101 | gCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGa < 1:2938798/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTAt < 2:2451264/150‑1 (MQ=255) cGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATg > 2:2909913/1‑150 (MQ=255) tttCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTc > 1:2641000/1‑150 (MQ=255) ttCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCt < 2:3366596/150‑1 (MQ=255) ttCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTAAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGACTTTTATGGTGATGGTCt > 2:3413624/1‑150 (MQ=255) ttCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTAAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATATTATGGTGATGGTCt > 2:4833855/1‑150 (MQ=255) aTGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGACATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGAt > 2:3868325/1‑150 (MQ=255) gCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTc < 1:669056/150‑1 (MQ=255) ctgaTCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCa > 2:4622164/4‑150 (MQ=255) ttATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCAc < 1:4689699/150‑1 (MQ=255) cccGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTAcc > 2:4066767/1‑150 (MQ=255) cGGATGTAGTGGGCTTAAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGt < 1:1320840/150‑1 (MQ=255) ggATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGtt > 2:3516668/1‑150 (MQ=255) gATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTg < 1:1891258/150‑1 (MQ=255) aTGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTgg < 2:1242450/150‑1 (MQ=255) tAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCgg > 1:2558849/1‑150 (MQ=255) aGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGa > 1:651722/1‑150 (MQ=255) aGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGa > 2:2518270/1‑150 (MQ=255) gTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGAt < 2:1692095/150‑1 (MQ=255) tGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATc < 1:1850159/150‑1 (MQ=255) tGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATc > 2:3817962/1‑150 (MQ=255) gggCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATcg < 2:2268806/150‑1 (MQ=255) gCTTCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATcgcg < 1:4859089/150‑1 (MQ=255) ttCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGcc < 2:4540354/150‑1 (MQ=255) ttCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGcc < 2:736425/150‑1 (MQ=255) tCAAACTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAACTGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGcca < 2:897882/150‑1 (MQ=255) aaCTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGccacca > 2:3102712/1‑150 (MQ=255) aaCTTACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGccacca > 1:4578929/1‑150 (MQ=255) aCTTACCGGATAATTACGTGAATGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGTGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCTCCACCAt < 2:1470292/150‑1 (MQ=255) tACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGc > 2:1876726/1‑150 (MQ=255) tACCGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGc > 2:1789088/1‑150 (MQ=255) aCCGTAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGcc < 2:1334906/150‑1 (MQ=255) cGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCaa > 2:1939030/1‑150 (MQ=255) cGGAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCaa > 1:2230193/1‑150 (MQ=255) ggAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAat < 2:2022513/150‑1 (MQ=255) ggAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAat < 2:3273216/150‑1 (MQ=255) gAAAATTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAata > 2:1743444/1‑150 (MQ=255) aTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTc < 2:4250404/150‑1 (MQ=255) aTTACGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTc < 2:4415158/150‑1 (MQ=255) cGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCa < 2:2757651/150‑1 (MQ=255) cGTGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCa > 1:3646024/1‑150 (MQ=255) tGAAGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGa > 2:2827434/1‑150 (MQ=255) aGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAata > 2:812060/1‑150 (MQ=255) aGGTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAata < 1:638698/150‑1 (MQ=255) gTATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATg > 1:3418434/1‑150 (MQ=255) tgcaacaGACCTGGTTCTCACTGTTACACAAATGCTGAGCAAACATGGAGTGGTGGGGAAATAAGACTAATATTATGTTTATGGTCTGGATTCACAACCTTTTGCGGATCGCGCCACCATACCCAATATGTCTCAAGAATATTGTGacac > 2:1427607/5‑150 (MQ=255) cGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTTATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCAc > 2:1099984/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |