| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,377,339 | C→A | 6.8% | G294C (GGC→TGC) | ycjW ← | LacI family putative transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,377,339 | 0 | C | A | 6.8% | 980.0 / 28.5 | 277 | G294C (GGC→TGC) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/144); new base A (10/10); total (123/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CATCTGGCATTCAGGCAAGGTAGCTGGTATTTATTTCAGCGTCATATGCGTGGCAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCA > CP009273/1377190‑1377488 | catcTGGCATTCAGGCAAGGTAGCTGGTATTTATTTCAGCGTCATATGCGTGGCAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATgcc < 1:3697049/150‑1 (MQ=255)catcTGGCATTCAGGCAAGGTAGCTGGTATTTATTTCAGCGTCATATGCGTGGCAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATgcc < 2:1342697/150‑1 (MQ=255) cTGGCATTCAGGCAAGGTAGCTGGTATTTATTTCAGCGTCATATGCGTGGCAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATgccgcc < 2:1100899/150‑1 (MQ=255) 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ttgACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAAttt > 1:2753144/1‑150 (MQ=255) gACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCa < 1:1368125/150‑1 (MQ=255) gACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGAGGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCa < 2:590688/150‑1 (MQ=255) cTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGc < 1:469953/150‑1 (MQ=255) tAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCt > 1:1295888/1‑150 (MQ=255) tCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCa < 2:2701994/150‑1 (MQ=255) tCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCa < 1:1244310/150‑1 (MQ=255) gCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTgg < 2:4372161/150‑1 (MQ=255) cGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGc < 1:3752481/150‑1 (MQ=255) gTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCa < 2:1164583/150‑1 (MQ=255) 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ccgccCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGc > 2:808668/1‑150 (MQ=255) cgccCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCa > 1:5047089/1‑150 (MQ=255) | CATCTGGCATTCAGGCAAGGTAGCTGGTATTTATTTCAGCGTCATATGCGTGGCAACGGTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCA > CP009273/1377190‑1377488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |