Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,469,880 | A→T | 100% | I160I (ATA→ATT) | ydbD → | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,469,880 | 0 | A | T | 77.3% | 555.7 / 173.7 | 269 | I160I (ATA→ATT) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/30); new base T (114/94); total (145/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATGCATATTATTGGGGGCTAATTA > CP009273/1469733‑1470025 | tATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGAtttt > 2:1686746/1‑150 (MQ=255) aTTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATAttt < 2:3649490/150‑1 (MQ=255) ttCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTa < 2:1462684/150‑1 (MQ=255) tctcGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTAt < 1:818029/150‑1 (MQ=255) gTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGAAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACTATTAAGGGGAGTATTAATGAGCGTGGGATTTTTATAAATg > 1:4168869/1‑150 (MQ=255) tAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGa > 1:2060933/1‑150 (MQ=255) aaCGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGAc > 1:4318637/1‑150 (MQ=255) cGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACAt < 2:1959042/150‑1 (MQ=255) 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taGTTGCGGATTCACCACTGTTAATGACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGttgttg < 1:3187505/150‑1 (MQ=255) ggtGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCg < 1:4338922/148‑1 (MQ=255) cGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCtt > 1:4770863/1‑150 (MQ=255) ggATTCACCACTGGTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTc < 2:2634785/150‑1 (MQ=255) aTTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGa < 1:4460776/150‑1 (MQ=255) 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tGGGATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATGCATATTATTGGGGGCtaat > 1:4183547/1‑150 (MQ=255) gggATTTTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATGCATATTATTGGGGGCtaatt < 1:701408/150‑1 (MQ=255) | TATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATGACACTGAAAATGTCAAAAAAGCGCTGATGATAATAAATCCTGATGCATATTATTGGGGGCTAATTA > CP009273/1469733‑1470025 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |