| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,565,497 | G→A | 100% | S269L (TCG→TTG) | gadB ← | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,565,497 | 0 | G | A | 100.0% | 230.1 / NA | 102 | S269L (TCG→TTG) | gadB | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (57/45); total (57/45) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CCCAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGT > CP009273/1565455‑1565643 | cccAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTa < 2:731200/150‑1 (MQ=11)cccAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTa < 2:5151760/150‑1 (MQ=11)cccAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTa < 2:3083360/150‑1 (MQ=11) ccAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTAt > 1:1552458/1‑150 (MQ=14) ccAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTAt > 2:4023822/1‑150 (MQ=14) ccAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTAt > 2:4023773/1‑150 (MQ=14) cAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATc > 1:389262/1‑150 (MQ=17) cAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATc < 1:3496191/150‑1 (MQ=17) cAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATc < 2:1137154/150‑1 (MQ=17) cAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATc < 1:2631214/150‑1 (MQ=17) aGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGGAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCg > 1:4548477/1‑150 (MQ=17) aGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCg < 2:1749628/150‑1 (MQ=17) ggAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGcc > 1:3576063/1‑150 (MQ=17) ggAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGcc > 2:2235128/1‑150 (MQ=17) gAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCt < 1:1871445/150‑1 (MQ=17) gAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCt < 1:3571017/150‑1 (MQ=17) gAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCt < 1:4456793/150‑1 (MQ=17) gAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCt > 2:3748086/1‑150 (MQ=17) aGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg < 1:2693988/150‑1 (MQ=17) aGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg < 1:2838105/150‑1 (MQ=17) aGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTg < 1:3939044/150‑1 (MQ=17) gCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTgg > 1:4276277/1‑150 (MQ=17) ccAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGa > 2:1888979/1‑150 (MQ=17) cAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCAGGTCGAGGTCGATACCGGTATCGGCCTGGaa > 2:4413000/1‑150 (MQ=12) 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aTTTATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCa > 2:3799929/1‑150 (MQ=17) tttATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAg < 1:1422901/150‑1 (MQ=17) ttATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgc > 1:3861731/1‑150 (MQ=17) ttATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgc < 2:3425944/150‑1 (MQ=17) ttATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgc > 2:4575781/1‑150 (MQ=17) ttATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgc > 2:4723160/1‑150 (MQ=17) tATGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcg > 2:110331/1‑150 (MQ=17) aTGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc < 1:1416109/150‑1 (MQ=17) aTGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc > 2:2878640/1‑150 (MQ=17) aTGGCCTGAAGCACTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGAGGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAgcgc > 2:2135533/1‑150 (MQ=17) 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aCTGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCgg < 1:2531195/150‑1 (MQ=17) tGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGtt < 1:3339868/150‑1 (MQ=17) tGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGtt > 2:4906252/1‑150 (MQ=17) tGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGtt < 1:2059008/150‑1 (MQ=17) tGATCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGtt > 2:4906199/1‑150 (MQ=17) 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aTCAATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTtgt < 2:1800750/150‑1 (MQ=17) | CCCAGCGGAGCCAGACCGAATTTATGGCCTGAAGCACTGATCGATTTCACACGCGGCAGGCGGAAGTCCCAGACGATATCCGGGGCGACGAACGGTGCCAGGAAGCCACCGCTGGCAGCGTCGATGTGCATGTCGATGTCGATACCGGTATCGGCCTGGAATTTATCCAGCGCATCGTGCAGCGGTTGT > CP009273/1565455‑1565643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |