Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,643,955 | C→A | 100% | A30A (GCC→GCA) | dicB → | Qin prophage; cell division inhibition protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,643,955 | 0 | C | A | 95.1% | 791.5 / 26.9 | 265 | A30A (GCC→GCA) | dicB | Qin prophage; cell division inhibition protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/5); new base A (115/137); total (123/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
AACGTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGA > CP009273/1643808‑1644100 | aCGTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAAtt > 2:2828558/1‑150 (MQ=255) gTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTaa > 1:3894205/1‑150 (MQ=255) gTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTAACAGTAACCCAGTATATACTGAAGATGCAATTaa > 1:425287/1‑150 (MQ=255) aCCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACaa < 1:533211/150‑1 (MQ=255) tGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAagag < 1:3509679/150‑1 (MQ=255) gCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAAc < 2:102275/150‑1 (MQ=255) cACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACa < 1:1493995/150‑1 (MQ=255) ccAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAg < 1:1306391/150‑1 (MQ=255) cAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGa < 2:9231/150‑1 (MQ=255) aGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGaa > 2:2349891/1‑150 (MQ=255) gCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACg < 2:1103764/150‑1 (MQ=255) aCTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACggg < 2:2325871/150‑1 (MQ=255) cTGCATCACTAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGTAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTTCTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGa < 1:3956699/150‑1 (MQ=255) cATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCTATAATGAAAACGTTAGTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCt < 2:4796026/150‑1 (MQ=255) aTCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTa < 1:4180036/150‑1 (MQ=255) tCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTAt < 2:1334762/150‑1 (MQ=255) cacaAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTAtt < 1:1607994/150‑1 (MQ=255) acaAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATta < 1:2160845/150‑1 (MQ=255) aaaTTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATtaaat < 1:327453/150‑1 (MQ=255) tgttgAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATg < 2:1983927/150‑1 (MQ=255) tgttgAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATg > 1:2844010/1‑150 (MQ=255) tgAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCAt > 1:3361160/1‑150 (MQ=255) aGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTg < 1:5110834/150‑1 (MQ=255) 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aaTGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCt > 1:1336670/1‑150 (MQ=255) gAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGc < 2:4582152/150‑1 (MQ=255) aaCGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCg < 1:4699106/150‑1 (MQ=255) aaCGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCg > 2:4689910/1‑150 (MQ=255) aCGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGt > 2:1824219/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |