| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,738,733 | C→A | 7.6% | I340I (ATC→ATA) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,738,733 | 0 | C | A | 7.6% | 1166.1 / 42.0 | 328 | I340I (ATC→ATA) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (175/128); new base A (11/14); total (186/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCATTTTCTATAT > CP009273/1738585‑1738882 | cggcggcAGCGGGACCTAACCGCGTACGGTCTCGTCTGGGTCAGGGCGCCACGCGGCATGCGCCACCCGCTGCGCGGACCGGGCTGATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCg < 2:4808154/149‑1 (MQ=255) cggcAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGccc < 2:3977124/150‑1 (MQ=255) ggcAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCt > 1:576479/1‑150 (MQ=255) 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tCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTtata > 2:2234251/1‑150 (MQ=255) gTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGAt > 2:2469553/1‑150 (MQ=255) tCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATAcg < 1:3515101/150‑1 (MQ=255) tGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGtt > 1:1438078/1‑150 (MQ=255) tGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGtt > 1:2721987/1‑150 (MQ=255) 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gCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCAtttt > 1:1936402/1‑150 (MQ=255) cAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCATTTTc > 1:639863/1‑150 (MQ=255) | TGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGACGGCCATTTTCACGGTTTCACTGCGGGAGCAAATCGCCCTGTTGTACAACGACAATCCCGAGGTTGTAACGCTGGCTGCGCATTTGATGTTGCTGGCGGCGGTATATCAGATTTCTGACTCAATCCAGGTGATTGGCAGTGGGATTTTGCGTGGTTATAAAGATACGCGTTCCATTTTCTATAT > CP009273/1738585‑1738882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |