Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,816,436 | A→T | 6.8% | R26R (CGT→CGA) | osmE ← | osmotically‑inducible lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,816,436 | 0 | A | T | 6.8% | 761.8 / 34.2 | 250 | R26R (CGT→CGA) | osmE | osmotically‑inducible lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (112/119); new base T (7/10); total (121/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGTG > CP009273/1816287‑1816582 | gTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTAc > 1:559387/1‑150 (MQ=255) ttGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACg < 1:2900597/150‑1 (MQ=255) tGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGa > 2:3461076/1‑150 (MQ=255) aCCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATc < 2:4348366/150‑1 (MQ=255) ccAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCAt < 2:1650959/150‑1 (MQ=255) ccAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCAt > 2:2547200/1‑150 (MQ=255) cAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATa > 1:4511692/1‑150 (MQ=255) aGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATaa > 1:1599117/1‑150 (MQ=255) ggATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAg > 1:2271133/1‑150 (MQ=255) gATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGc < 1:1905176/150‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACa < 1:4747218/150‑1 (MQ=255) tGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAAccc < 1:1348129/150‑1 (MQ=255) cAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGcc > 1:298032/1‑150 (MQ=255) gTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGc > 2:1184902/1‑150 (MQ=255) agAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGACTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTAAAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGtt > 2:777938/2‑150 (MQ=255) gAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTa < 2:2012577/150‑1 (MQ=255) aGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTaa < 2:3894941/150‑1 (MQ=255) gCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAAt < 1:1007134/150‑1 (MQ=255) cATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGCTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTAATGACGGCTAACACCACAGGCTGTACAAACTGGACTTTGGTACGATCATACGCCGAACAACCCGCCAGCAACGTTAATa > 1:4348661/1‑150 (MQ=255) aTGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAc > 1:3824894/1‑150 (MQ=255) tGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAcc < 1:2648312/150‑1 (MQ=255) ggATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAccg < 1:2716681/150‑1 (MQ=255) gATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAccgc < 1:1972528/150‑1 (MQ=255) aTCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATAccgcc > 2:864320/1‑150 (MQ=255) cATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACcgccgc > 1:4153100/1‑150 (MQ=255) tGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTg > 1:70407/1‑150 (MQ=255) gCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGc > 2:2929653/1‑150 (MQ=255) gCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGc > 1:3234065/1‑150 (MQ=255) cACTTCAGACGAAGTTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACt < 2:2654235/150‑1 (MQ=255) cACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTTCGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACt > 2:1368604/1‑150 (MQ=255) aCTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTc < 1:2061947/150‑1 (MQ=255) aGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGAAGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAAt < 2:4749094/150‑1 (MQ=255) gAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCt < 1:778076/150‑1 (MQ=255) gAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCt < 1:3650473/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTg < 1:4308948/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTg > 1:3111017/1‑150 (MQ=255) ttACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTAATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCata > 2:5062836/1‑150 (MQ=255) tACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCatat > 1:4960862/1‑150 (MQ=255) aCCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATAtt > 2:435281/1‑150 (MQ=255) aCCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATAtt < 2:1723107/150‑1 (MQ=255) aaTTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTTCGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGtt > 1:2107874/1‑150 (MQ=255) aTTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTc > 2:5160789/1‑150 (MQ=255) tgtgCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCata > 1:1434545/1‑150 (MQ=255) 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cAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCtt < 1:4142079/150‑1 (MQ=255) aaaCTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCttt > 1:2542782/1‑150 (MQ=255) aCTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCttttt < 2:3662034/150‑1 (MQ=255) ggTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCaa > 1:504846/1‑150 (MQ=255) gTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAg > 2:2673653/1‑150 (MQ=255) 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tGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGt > 2:1278551/1‑150 (MQ=255) ggTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGTg > 2:4280027/1‑150 (MQ=255) | CGTTGACCCAGGATGTAGGTCTGGCAAGTACCGCGAGCATGGATCATGCTCACTTCAGACGAAGGTTTACCCGCAATTTGTGCAACCTGCGCCCGGCTCATGCCTTTTTTGACGTCTTTCACCACAGGCTGTACAAACTGGTCTTTGGTACGATCATAAGCCGTACAACCCGCCAGCATGGTTAATACCGCCGCTGCACTCAGAATTCCTGCCATATTCTTGTTCATATTCCGTCCTCTTGTTTATCAGCGTGTTAGATAAGCCTGGAATACATTGGGCGCTTTTTCAAGCCCGTG > CP009273/1816287‑1816582 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |