| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,945,085 | C→A | 16.6% | intergenic (‑306/‑4) | aspS ← / → yecD | aspartyl‑tRNA synthetase/isochorismatase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,945,085 | 0 | C | A | 16.6% | 728.6 / 92.2 | 259 | intergenic (‑306/‑4) | aspS/yecD | aspartyl‑tRNA synthetase/isochorismatase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/95); new base A (21/22); total (142/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GTTACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCA > CP009273/1944936‑1945234 | gTTACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCAAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCAGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTc > 1:2368985/1‑150 (MQ=255) tatCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGaa > 2:577580/1‑150 (MQ=255) tatCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGaa > 2:4687999/1‑150 (MQ=255) 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gATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGgcggcg > 2:3156627/1‑150 (MQ=255) aTTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGa > 1:1843718/1‑150 (MQ=255) ttttGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGaa < 1:2509755/150‑1 (MQ=255) tGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAAtt > 1:3601884/1‑150 (MQ=255) tttCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTcgcg > 1:685967/1‑150 (MQ=255) 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cATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCa < 1:1722677/150‑1 (MQ=255) cATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCGGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTACTCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCa < 1:3422766/150‑1 (MQ=255) | GTTACCACTTTATATCGGGCCTGAAATCAGACTCTACGCCAGTTTGCTATAAAGGTGTTGCCCGAACTCATAAAAATTAACAAAATTTGTCGTTCCGCCATCGGCTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCA > CP009273/1944936‑1945234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |