| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,021,954 | C→A | 93.5% | E298D (GAG→GAT) | yedI ← | DUF808 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,021,954 | 0 | C | A | 93.5% | 800.3 / 38.9 | 278 | E298D (GAG→GAT) | yedI | DUF808 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/6); new base A (132/128); total (144/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CCGCCCTCTTTAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTCTCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCAATTCCATG > CP009273/2021808‑2022100 | ccgccCTCTTTAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTatct > 1:3947028/1‑150 (MQ=255) gccCTCTTTAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTAc > 2:2973227/1‑150 (MQ=255) gccCTCTTTAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTAc > 1:3464777/1‑150 (MQ=255) 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tttAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCttt < 2:5158088/150‑1 (MQ=255) ttAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTCTCTACGGCTTTc > 1:2646385/1‑150 (MQ=255) tAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCa > 2:4302089/1‑150 (MQ=255) aaCCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCAc > 1:3798531/1‑150 (MQ=255) aCCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACt < 1:3266324/150‑1 (MQ=255) aCCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACt < 2:1976079/150‑1 (MQ=255) aCCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACt < 1:4917951/150‑1 (MQ=255) aCCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACt < 1:2527288/150‑1 (MQ=255) cGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTCTCTACGGCTTTCACTcc > 2:77379/1‑150 (MQ=255) aaCTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAg > 2:1316329/1‑150 (MQ=255) 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gtgCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCa < 1:4742506/150‑1 (MQ=255) gtgCCTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCa < 1:2794898/150‑1 (MQ=255) ccTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAgcg < 1:5061116/150‑1 (MQ=255) ccTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAgcg < 1:4892725/150‑1 (MQ=255) cTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAgcgg > 2:3395052/1‑150 (MQ=255) cTGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCAAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGAGTGATGCAgagg > 2:781842/1‑150 (MQ=255) tGACCGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAgcggc < 2:148586/150‑1 (MQ=255) ccGCGCATTTTCTCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCa < 1:77379/150‑1 (MQ=255) ccGCGCATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCa > 1:1735028/1‑150 (MQ=255) gcgcATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCAAt > 1:857893/1‑150 (MQ=255) cATTTTATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCAATTcc < 2:4615156/150‑1 (MQ=255) tttATCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCAATTCCATg > 1:2583173/1‑150 (MQ=255) | CCGCCCTCTTTAACCGTAACTTCCTCACTAACCATAAAGCTCATACTCGCCTCCTTTTTTCGAGTGAAACTTGTTCACCTTAGTTGAAGATGGCGAATTTTGCATAATAGCCAGTGCGAGTATTAATGTGCCTGACCGCGCATTTTCTCTACGGCTTTCACTCCCAGCACCACGATGCCGCCGATGATAAATCCAAGAATCAGATTTAAAACAGTCGGTAATATCATCGCCACTACTGCACTTTGCTGCCCGGCGAAATGTTCAATGGCGTGATGCAGCGGCGCAATTCCATG > CP009273/2021808‑2022100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |