| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,138,039 | C→A | 91.1% | I431I (ATC→ATA) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,138,039 | 0 | C | A | 91.1% | 657.2 / 54.6 | 247 | I431I (ATC→ATA) | yegE | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/13); new base A (107/118); total (116/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATCACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAGGTGTGGTACGAGTGCGTGCT > CP009273/2137895‑2138185 | cAATGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTCTCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATAActct < 1:3009445/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATCACTCTg < 2:1541515/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTg > 1:207011/1‑150 (MQ=255) aaTGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTg > 2:2532758/1‑150 (MQ=255) aTGGCGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATCACTCTgg < 2:1644502/150‑1 (MQ=255) cGATGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTGGCTaa > 2:1629434/1‑150 (MQ=255) aTGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATCACTCTGGCTAACg < 2:1602034/150‑1 (MQ=255) aTGTTGTCTGGGCGTTGCTTGCCGTCTCACTGGTGCGCCACACGGATGGCACGCCGCTCTATTTTATCGCTCAGATTGAAGACATTAACGAGCTAAAACGCACCGAACAGGTCAATCAGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTGGCTAACg < 1:2587654/150‑1 (MQ=255) 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aTCAGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAgg > 1:4789927/1‑150 (MQ=255) aGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAGgtgt > 1:643047/1‑150 (MQ=255) aGCAACTGATGGAGCGCATAACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAGgtgt < 1:1353812/150‑1 (MQ=255) cAACTGATGGAGCGCATCACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAGGTGTgg > 1:1597272/1‑150 (MQ=255) cAACTGATGGAGCGCATAACTCTGGCTAACGAAGCGGGCGGGATTGGCATCTGGGAGTGGGAGTTGAAGCCGAATATTTTTAGCTGGGATAAGCGGATGTTCGAGCTGTATGAAATTCCTCCACATATCAAACCGAACTGGCAGGTGTgg < 1:1601226/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |