Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,359,147 | T→A | 10.9% | intergenic (‑48/‑260) | ais ← / → arnB | putative LPS core heptose(II)‑phosphate phosphatase/uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,359,147 | 0 | T | A | 10.9% | 781.7 / 64.7 | 261 | intergenic (‑48/‑260) | ais/arnB | putative LPS core heptose(II)‑phosphate phosphatase/uridine 5'‑(beta‑1‑threo‑pentapyranosyl‑4‑ulose diphosphate) aminotransferase, PLP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/116); new base A (15/14); total (131/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
ACTCCAGGCGGCATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAA > CP009273/2358998‑2359296 | aCTCCAGGCGGCATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAAtt > 1:3035903/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGGCATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAg < 1:4408052/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGGCATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAg > 2:2606155/1‑150 (MQ=255) 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ggcATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACAt > 2:4480403/1‑150 (MQ=255) ggcATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATAGAGCTACAt > 1:910778/1‑150 (MQ=255) cATGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACAttt > 1:1992418/1‑150 (MQ=255) aTGAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTc > 1:2142936/1‑150 (MQ=255) gAGTACCCAGTCCGGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTg < 1:1195042/150‑1 (MQ=255) 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tatatTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCg < 2:2117790/150‑1 (MQ=255) tatatTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCAACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCg < 2:1013084/150‑1 (MQ=255) atatTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATAGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCgg < 1:284079/150‑1 (MQ=255) tatTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGc < 1:729226/150‑1 (MQ=255) atTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATATACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACAGTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGACTGCa > 1:1673161/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |